Tuvo como hermanos a Pedro, Carlos Manuel y Francisca de Borja «Borjita» y se menciona a Ladislao o Manuel Hilario como el posible hermano perdido en el tiempo.
Se casó con su prima hermana María Trinidad de Céspedes y del Castillo, con quien tuvo un hijo, llamado Ricardo Rogelio.
Involucrado en conspiraciones independentistas desde 1848, Francisco Javier se hizo masón, al igual que sus hermanos, y pronto se involucraron en las numerosas conspiraciones independentistas que pululaban en la década de 1860 en Cuba.
Dicha sedición fue firmemente apoyada por la familia Céspedes, encabezada por el propio Francisco Javier.
[4] Propendió a que la Cámara de Representantes se reuniese y eligiera como nuevo presidente al también Mayor general Vicente García González.
Fue el único de los hermanos Céspedes que pudo ver el fin del gobierno español sobre Cuba.