Nieto al llegar al Callao con sus fuerzas para resistir a los restauradores, no fue reconocido su grado por el coronel Manuel de la Guarda tras un altercado que tuvieron por la actitud del primero en la batalla de Guías por lo que el general Nieto solitario abandono el Callao por medio de un buque extranjero dirigiéndose al norte para formar su propio ejército y combatir a los restauradores, pero las fuerzas sutiles que logró reunir, entre ellas el Batallón cívico de Cajamarca, se pasaron íntegramente a los restauradores.[6] El sitio de la plaza se limitó a un cerco de mediana efectividad por tierra y mar ya que los restauradores no contaban con los hombres y materiales necesarios para emprender un asalto a la fortaleza donde se guarnecían las tropas confederadas.Al estar el ejército sitiador acampado en una zona pantanosa e insalubre las bajas por enfermedad eran numerosas lo que unido a las constantes salidas de la guarnición al mando de Guarda dificultaban un asedio eficaz.[10] El sitio ya se hacía largo e inútil, había varias bajas por los combates y las enfermedades en la zona.[11] Por motivos como estos es que el general Cruz ya había manifestado a Bulnes la imposibilidad de bloquear completamente a los castillos del puerto señalándole que "sería mejor emplear nuestras fuerzas de otro modo más útil".El 20 de enero del año siguiente ambos ejércitos chocarían en Yungay logrando los restauradores vencer definitivamente a los confederados.Santa Cruz durante el sitio, haciendo gala de su típica astucia, convenció a Orbegoso para que lo apoyara logrando su objetivo.Terminado el sitio, esté lo redujo políticamente poniendo fin a su carrera, por lo que Orbegozo abandono el país por el resto de la guerra.
Plano topográfico que muestra la ciudad del Callao, lugar donde se produce el sitio por el ejército restaurador.
