En 1911, Pedro Mandiola, que luego sería jugador del Athletic Club, comenzó promocionar el fútbol en Éibar fundando dos años después, en 1913, el primer equipo de fútbol eibarrés que se llamó Izarra y vestía una indumentaria con camiseta verdinegra y pantalón azul.
Finalizada la Guerra Civil, en 1940 deciden fusionarse ambos clubs y crear el Eibar Football Club.
El Eibar comenzó jugando en categorías regionales con uniforme a rayas rojas y blancas y pantalón negro, inspirado en el vecino Athletic Club de Bilbao, uno de cuyos jugadores, el eibarrés Pedro Mandiola, fue quien introdujo el balompié en la ciudad armera.
Los tradicionales colores azulgranas del Eibar se originaron en la temporada 1943-44, cuando la Federación Guipuzcoana de Fútbol cedió a los eibarreses un equipamiento completo del Fútbol Club Barcelona, con cuyos colores comenzó a jugar el equipo.
En 1986 logró el ascenso a la Segunda División B al ganar la promoción contra el Coria CF y el CD Badajoz.
En la última jornada de la temporada 1989-90, una carambola permitió que el Eibar se salvara del descenso.
En la temporada 2002-03 Blas Ziarreta es cesado a falta de dos jornadas para el final tras una mala racha que había conducido al equipo a puestos de descenso, pero se ganaron los dos partidos restantes y se logró la permanencia.
El equipo consiguió mantenerse en Segunda División en la temporada 2007-08 finalizando en 13.ª posición, destacable el derbi guipuzcoano con la Real Sociedad de Fútbol.
En la 2012-13, Manix Mandiola ficha por el Tudelano y Gaizka Garitano, entrenador del Eibar B cubre su puesto.
Finalmente, el 14 de julio conseguía reunir los 1,7 millones exigidos para no descender a Segunda División B.
En la siguiente jornada pierde ante el Atlético de Madrid, partido que aunque fue un poco reñido no lograron empatar.
El Eibar acaba la primera vuelta en octava posición, haciendo historia así, como el mejor debutante de Europa en la división más fuerte del país.
De esta forma, el Eibar consigue la salvación y puede competir un año más en la Liga BBVA.
El Elche CF acude a la justicia ordinaria para pedir medidas cautelares y así intentar mantener su plaza en Primera División, la juez del caso concede la cautelarísima al Elche CF el 17 de julio y cita alas partes Elche CF, SD Eibar y LPF para el 20 de julio, un día después el 21 de julio la juez no ratifica la medida cautelarísima que dictó por lo tanto vuelve a ser efectivo el descenso del Elche CF, la sanción del TAD.
Como el propio Club reconoció, se procedió a la elección del Celtic FC por los importantes lazos entre Euskadi y Escocia, por la admiración a otro club también creado en una época de penuria económica, así como por la importancia de la temática escocesa con la principal peña armera "Eskozia la Brava".
[18] Con la vista puesta en una cuarta temporada en Primera División, el Eibar transita por el camino de la consolidación en la categoría.
Ese mismo año fue el mejor equipo vasco en esa clasificación, quedando por detrás –y por este orden- Real Sociedad (13.º), Alavés (14.º) y Athletic Club (16.º).
[19][20] En su siguiente temporada, la quinta consecutiva en primera desde su primer ascenso, el equipo vasco finalizó 12.° en la clasificación con 47 puntos, volviendo a conseguir la permanencia de manera holgada y con mucha antelación.
Con el paso de los años la cruz del escudo se ha ido haciendo más gruesa y pasando del color rojo al granate, el balón se ha convertido en un balón histórico de los años 40 -haciendo referencia a la década de fundación del Club- y los colores de la banda lateral en la que se inscribe el nombre del Club se han suavizado hacia un azul celeste y un borde azul oscuro para el escudo.
Se construyó sobre un terreno nivelado con los escombros procedentes de las ruinas debidas a la Guerra Civil, Éibar estuvo seis meses en la misma línea del frente y fue declarada "Región devastada".
La temporada anterior el Eibar superó por primera vez en su historia los 5500 abonados ,[23] cifra a la que pudo llegar tras ampliar la capacidad de su estadio hasta los 6285 espectadores.
[25] A la par de esta "lealtad dividida" la ciudad de Éibar se caracterizaba por un apoyo y seguimiento muy importante al equipo local, la SD Eibar, que logró competir durante casi dos décadas consecutivas en Segunda División, luchando contra equipos de localidades mucho más grandes que Éibar y con presupuestos mucho mayores.
Además durante muchos años la SD Eibar tuvo convenios de colaboración con Real Sociedad y Athletic, que le cedían jugadores.
Los países que cuentan con peñas oficiales del Eibar son Alemania, Australia, China, Chipre, Ecuador, España, Estados Unidos, Francia, Grecia, Israel, Japón, México, Noruega, Polonia y Venezuela.
En España los recientes éxitos del Eibar han propiciado que se crearan peñas en lugares como Cádiz, Logroño, Madrid, Rubí (Barcelona), Sant Antoni de Calonge (Gerona), Segorbe (Castellón) o Valencia.
Con el ascenso del Eibar a Primera División y su afianzamiento en la categoría, ya que en la temporada 2017-18 disputará su cuarta campaña consecutiva en Primera; se está produciendo un cambio del papel tradicional que tiene el Eibar en el fútbol vasco.
Ya no es visto por aficionados de Real y Athletic con tanta simpatía como antaño, ya que lo empiezan a percibir como un rival potencial; y por otro lado la ciudad de Éibar se está volcando totalmente con su equipo en Primera; aunque todavía no ha pasado suficiente tiempo con el Eibar en Primera compitiendo contra Real y Athletic en pie de igualdad, como para que las antiguas simpatías de los eibarreses con Real o Athletic hayan desaparecido totalmente.
Con Osasuna coincidió durante seis temporadas consecutivas en Segunda División, entre 1994 y 2000, estableciéndose una fuerte rivalidad entre ambos clubes.
Aquella temporada la Liga otorgaba una fuerte prima económica al equipo que se fuera a clasificar en cuarto lugar de la Segunda División.
El Vitoria dejó de ser filial en 2024 cuando se rompió acuerdo, la plaza en Segunda Federación, obtenida en 2024, pasó al recuperado Eibar "B".