En el mismo buque fue nombrado guardiamarina y luego transbordado al HMS Hind en el que terminó su curso con distinción.
[3] En 1823 el Almirantazgo británico ordenó que dos buques fueran preparados para inspeccionar las costas meridionales de América del Sur.
Skyring, segundo comandante del HMS Beagle, pero en noviembre de 1828 el contraalmirante Robert Otway, nombró como comandante en propiedad del HMS Beagle al teniente Robert Fitz-Roy que tenía entonces veintitrés años de edad.
Decidió llevarlos hasta Inglaterra y traerlos de regreso en una próxima oportunidad luego de que hubieran aprendido el idioma inglés y otras materias propias de la civilización occidental, les asignó los siguientes nombres y edades: York Minster 26, Boat Memory 20, Jemmy Button 14 (yagán), Fuegia Basket (una niña) 9.
[10] En 1841, Fitzroy fue elegido miembro del Parlamento por Durham y nombrado Conservador de río Mersey en 1842.
Fitz Roy encontró que las acciones de los colonos habían sido ilegales y sabiamente se negó a tomar cualquiera acción contra los maoríes lo que fue fuertemente criticado por los colonos y la compañía New Zealand.
Todos estos sistemas fallaron y antes que el gobierno cayera en la bancarrota, Fitz Roy se vio obligado a emitir papel moneda sin respaldo.
Mientras tanto, los maoríes del extremo norte, alrededor de Bay of islands, que habían sido los primeros en firmar el Tratado de Waitangi, se sentían cada vez más marginados y resentidos por los cambios que habían tenido lugar en Nueva Zelanda.
FitzRoy, en lugar de abordar los problemas, ordenó que el asta fuera levantada nuevamente.
Pronto se hizo evidente que FitzRoy no tenía los recursos para lograr un rápido fin de la guerra.
Como resultado, poco después fue llamado y sustituido por George Grey, entonces gobernador de Australia del Sur.
En 1861 Fitz Roy estableció una red de quince estaciones costeras que proporcionaban a las naves en la mar, mediante avisos visuales, el estado del tiempo.
Varios destacados científicos y filósofos británicos, Thomas Henry Huxley, Samuel Wilberforce, Benajamin Brodie, Joseph Dalton Hooker y Robert Fitz Roy, entre otros, se reunieron para debatir sobre la teoría de Darwin.
Durante el debate Fitz Roy atacó el libro y levantando una inmensa Biblia primero con ambas manos y luego con una mano sobre su cabeza, solemnemente imploró a la audiencia que creyeran en Dios en lugar del hombre.
Fitz Roy ya retirado, en 1863, fue ascendido por antigüedad al grado de vicealmirante.
Está enterrado en el frontis de la iglesia All Saints en Upper Norwood, Londres.
Fitz Roy al morir había agotado toda su fortuna en gastos públicos.
Cuando esto se conoció, su amigo Bartholomew Sulivan, vicealmirante que había navegado bajo su mando al comienzo de su carrera naval, en el segundo viaje del HMS Beagle, convenció al gobierno británico que proveyera a su viuda de un fondo de tres mil libras esterlinas, fondo al cual Darwin agregó otras cien libras.
Además la reina Victoria permitió que su viuda e hija ocuparan habitaciones del palacio Hampton Court hasta su muerte.
Darwin nombró en su honor una especie de delfín, Delphinus fitzroyi, pero luego se aclaró que era el ya clasificado Lagenorhynchus obscurus.