Cuando el nivel relativo del mar vuelve a sumergir la isla, el borde proporciona un núcleo rocoso en el que el coral vuelve a crecer para formar las islas de un atolón y el fondo inundado del platillo forma la laguna dentro de ellas.
[3] La palabra atolón proviene del dhivehi (una lengua indoaria hablada en las Maldivas) އަތޮޅު atholhu.
Darwin razonó que un arrecife de coral desarrollado alrededor de una isla volcánica en el océano tropical, crecerá hacia arriba a medida que la isla se hunde, formando tarde o temprano un gran arrecife coralino, como el representado, por ejemplo, por Bora Bora.
Durante ese proceso, el hundimiento lleva al viejo volcán a encontrarse por debajo del nivel del mar, pero no así a los bancos de coral, que no dejan de crecer mientras la isla se hunde, manteniendo la máxima actividad biológica donde las condiciones le son óptimas, al ras del agua.
Como los atolones son producto del crecimiento de organismos marinos tropicales, estas islas sólo se encuentran en aguas cálidas en los trópicos.
Islas volcánicas ubicadas más allá de las zonas donde la temperatura del agua es la adecuada para el crecimiento de los organismos marinos que forman los corales, se hunden y son erosionadas en la superficie.
Una isla que se ubica donde la temperatura del océano es apenas lo suficientemente caliente para el crecimiento del anillo coralino ascendente para compensar el hundimiento se dice que está en el Punto de Darwin.
Reginald Aldworth Daly ofreció una explicación algo diferente de la formación de un atolón: los mismos serían islas desgastadas por la erosión (olas marinas y corrientes oceánicas) durante el último retiro del nivel del mar (ocurrido en la era glacial) de aproximadamente 100 metros por debajo del nivel actual del mar que se desarrollaron como islas coralinas (atolones) (o arrecifes coralinos sobre una plataforma que rodea una isla volcánica no completamente desgastada) cuando el nivel del mar gradualmente se elevó al derretirse los glaciares.
El descubrimiento de la gran profundidad del remanente volcánico bajo muchos atolones, favorece la explicación de Darwin, aunque pueda haber poca duda que el nivel fluctuante del mar ha tenido una influencia considerable sobre los atolones.
En el océano Atlántico se encuentra el atolón de las Rocas, perteneciente a Brasil.
En el Caribe, que puede considerarse como una parte del Atlántico, se ubican ocho atolones (Alburquerque, Bajo Nuevo, Quitasueño, Roncador, Serrana, Serranilla...) del Departamento Archipiélago de San Andrés y Providencia al noroeste de Colombia cerca a las costas nicaragüense.
También Venezuela posee numerosas islas coralinas y el archipiélago de Los Roques constituye un extenso atolón cuyo relieve de origen volcánico ha venido hundiéndose hasta sólo dejar vestigios rocosos, precisamente en la isla más oriental, el Gran Roque.