Ambos partidos decidieron aprovechar sus similitudes ideológicas, corriendo juntos en las elecciones parlamentarias de 2005 a través del pacto denominado "Fuerza Regional Independiente".
Solo obtuvieron una diputada, Marta Isasi del PAR, por el distrito n.º 2 (Alto Hospicio, Camiña, Colchane, Huara, Iquique, Pica y Pozo Almonte).
[14] Tanto el PAR como el ANI se vieron amenazados por el sistema electoral chileno, que exige a los partidos tener un porcentaje superior al 5% para permanecer activo y los partidos de regiones son excluidos por número a nivel nacional.
El año 2008 el PRI anunció su intención de participar en las elecciones venideras en el país como alternativa a las dos coaliciones mayoritarias.
[20] Finalmente en las elecciones el PRI obtuvo el 3,7% de la votación nacional en concejales (mientras que el Pacto en total obtuvo el 7,57%),[20] lo que posicionó al partido como un elemento relevante a nivel nacional en la política chilena, consolidándose como una opción a los conglomerados predominantes, la Concertación y la Alianza por Chile.
[22] Para las elecciones parlamentarias de 2009, el PRI se unió al Movimiento Amplio Social y a Fuerza País en un nuevo pacto electoral denominado Chile Limpio.
El PRI obtuvo tres diputados; Pedro Araya Guerrero, Luis Lemus Aracena y Alejandra Sepúlveda.
En abril de 2010, Jaime Mulet fue expulsado del PRI, debido al apoyo que entregó a Eduardo Frei Ruiz-Tagle durante la segunda vuelta presidencial, realizada en 2010.
Entre el año 2010 y 2012, los tres diputados electos por el partido renunciaron, dejando al PRI sin representación parlamentaria.
[28] Meses después, la directiva del PRI se reunió con el expresidente Sebastián Piñera para sumarse a la Fundación Avanza Chile[29] y analizar su posible ingreso a una coalición de centroderecha con Renovación Nacional, la Unión Demócrata Independiente y Evópoli.
[38][39] A nivel de secretarios regionales ministeriales, diez fueron los militantes del partido designados para tales cargos.