Esta educación cortesana le preparó para participar en los conflictos militares y políticos de su tiempo.
La pareja tuvo siete hijos: Diego Fernández de Quiñones, futuro conde de Luna, y sus hermanos Suero, Fernando, María, Constanza, Leonor y Mencía.
Este cálculo político le permitió a la familia Quiñones consolidar su poder, y Pedro se unió al grupo de nobles que presionaban para limitar la influencia del valido real.
Sin embargo, en 1446, Pedro restauró su influencia al aliarse con el príncipe Enrique, quien estaba enfrentado con Álvaro de Luna.
En 1448, Pedro asistió a la Entrevista de Záfraga, una reunión convocada por Juan II para reconciliar las facciones enfrentadas.
La liberación de Pedro en 1450 fue gracias a la intervención del príncipe Enrique, y en 1451, firmó un acuerdo con Juan II, renunciando a sus conflictos anteriores y abandonando su militancia en los bandos oligárquicos que rivalizaban en Castilla.