Constituyen el museo cuatro núcleos fundamentales: la Colección Farnesio, compuesta por objetos provenientes de Roma y sus alrededores; las colecciones pompeyanas, con testimonios procedentes de Pompeya, Herculano, Estabia, Boscoreale y otros antiguos recintos arqueológicos del área del Vesubio, pertenecientes mayoritariamente a las colecciones borbónicas; otros objetos pertenecientes a colecciones menores, adquiridas o donadas al museo (por ejemplo, la colección Stefano Borgia, la Santangelo, la Stevens, la Spinelli); objetos provenientes de excavaciones llevadas a cabo por la Dirección General de Arqueología de Nápoles y Caserta (sección Prehistórica, Cumana, Pithecusae, Neapolis), de la que depende el museo.El edificio que alberga el Museo se terminó en los primeros años del siglo XVII cuando era una antigua caballeriza en 1586 y que más tarde, en 1615 se convirtió en el antiguo Palazzo dei Regi Studi (Palacio de los Estudios Reales), sede de la Universidad de Nápoles.Se aprovechó el espacio que dejó la Biblioteca en 1925 cuando fue trasladada a otro local y después, en 1957 pasó lo mismo cuando la colección de lienzos conformó la piedra fundamental del Museo Nacional y Galerías de Capodimonte, en el palacio del mismo nombre.Para terminar, dos salas albergan exposiciones temporales de otros mármoles Farnesio y diversas esculturas.Ocupa las salas y galerías de la planta baja, dispuestas alrededor del patio oriental.Con la nueva reorganización del museo, las salas se han ido abriendo poco a poco y todavía no se expone todo lo que hay.Solo unas cuantas esculturas particularmente significativas como, por ejemplo, el Doríforo se han colocado provisionalmente en algunas salas o galerías de la planta baja.En otras salas se acogen todas las obras de arte encontradas en la Villa de los Papiros, en Herculano, del siglo I d. C., que se cree que perteneció a los Pisones.Las piezas egipcias datan desde el Imperio Antiguo de Egipto (2700-2200 a. C.) hasta la Dinastía Ptolemaica.Según la nueva reorganización del museo, hay varias secciones que presentan los hallazgos relativos a las civilizaciones que se desarrollaron junto al golfo de Nápoles durante el período de la colonización griega.Ocupada originalmente por la Real Biblioteca, esta sala fue decorada con frescos en el techo, obra de Pietro Bardellini, que muestran La Virtud coronando Fernando y María Carolina.El reloj de sol que hace referencia al nombre del salón (eso es lo que quiere decir meridiana en italiano) está dibujado en el suelo de la sala y data del siglo XVIII, cuando se pensaba instalar un observatorio astronómico en el edificio.
Atlas Farnese
, expuesto en el Salón de la Meridiana del museo.
