Más tarde, comandó a los 2 mil efectivos de su tropa hacia Michoacán, en conde comenzó a operar, colaborando en el sitio de Valladolid, del cual se tuvo que retirar para no ser derrotado, debido a que no le abastecieron de municiones oportunamente.
En 1817 hechos prisioneros Rayón y Bravo, Anaya se acogió al indulto teniendo que elistarse en el ejército realista, aunque tuvo muy poca participación.
[5] Pocos insurgentes tuvieron la fortuna de contar con las confianzas de tantos y diversos jefes notables como Miguel Hidalgo, Nicolás Bravo, Ignacio López Rayón, José María Morelos y otros más.
Al grito de "Federación o muerte" se inicia en Tabasco la llamada Revolución federalista.
Los primeros alzamientos se registraron en 1839 en Jonuta, Macuspana y Tepetitán, a cuya cabeza estaba Fernando Nicolás Maldonado.
Durante sugestión, Anaya formó una Junta Electorál Consultiva, que tendría la misión de elegir a un gobernador interino que se encargara de instaurar el federalismo en Tabasco llamando a nuevas elecciones.
[3] Por tal motivo, se hizo cargo del gobierno Pedro Requena Estrada, con quien Anaya, que había sido nombrado Comandante General de Tabasco, entraría en conflictos por jurisdicción.
Ante estos hechos, el Congreso del estado nombró como gobernador provisional a José Víctor Jiménez quien ocuparía el cargo el 4 de enero.