[2]​[3]​ En este periodo, la república atravesó nuevamente un lapso caótico, marcado por una grave inestabilidad política que provocó varios conflictos internos como la guerra de Reforma.

Poco después el Congreso lo nombró presidente interino y como Vicepresidente a Nicolás Bravo.

México por su parte le declaró la guerra a Estados Unidos el 23 de mayo del mismo año.

[12]​ Gómez Farías, asumió la presidencia en ausencia de Santa Anna, que se encontraba combatiendo a los estadounidenses.

Durante el asalto al castillo cayeron prisioneros los generales Mariano Monterde (Director del Colegio Militar de México) y Nicolás Bravo.

El 26 de septiembre estableció la sede del poder federal en Toluca y poco después en Querétaro, donde convocó al Congreso.

Mariano Arista resultó elegido en las reñidas elecciones de 1850, en las que contendieron los expresidentes Manuel Gómez Pedraza, Nicolás Bravo y el general Juan Nepomuceno Almonte.

La terrible situación financiera desencadenó una revuelta que pretendía elevar nuevamente al poder a Santa Anna.

El Congreso después de una rápida votación nombró a Ceballos presidente interino.

Finalmente el 21 de septiembre se decretó que los estados serían denominados nuevamente Departamentos.

[43]​[44]​ Santa Anna intento varias veces sin éxito regresar a la vida política de México.

Trato de regresar a México durante el Segundo Imperio pero fue detenido en Veracruz y expulsado del país.

Los jueces que lo sentenciaron, pasaron seis meses en esa misma prisión por ese motivo.

Entre los liberales se encontraban figuras como el expresidente Valentín Gómez Farías, Santos Degollado y Melchor Ocampo.

Entre los conservadores destacaron Antonio Aguado, Mariano Arizcorreta y el Gobernador de Durango Marcelino Castañeda.

Además, incluía un capítulo dedicado a las garantías individuales, y un novedoso procedimiento judicial para proteger ese derecho conocido como amparo.

Luego, trató de buscar una reconciliación con el ala liberal y llevó a cabo enfrentamientos armados contra los conservadores, sin éxito.

[83]​ Los estados que apoyaban el régimen constitucional reconocieron a Juárez como presidente legítimo de México.

Como Juárez necesitaba un lugar controlado por liberales y recursos para sostener su gobierno, se embarcó hacia Panamá para trasladarse a Veracruz.

[84]​ Estados Unidos propuso a ambos gobiernos, liberal y conservador, la compra de Baja California, lo cual fue rechazado por ambos.

Los liberales convirtieron las leyes en su nueva bandera política y los conservadores acentuaron aún más el carácter religioso de su lucha.

[86]​ La segunda mitad de 1859 fue igual que el año anterior: los conservadores ganaban batallas y los liberales se recuperaban rápidamente.

En el bando conservador, Zuloaga había sido derrocado por Manuel Robles Pezuela mediante el Plan de Navidad; fue restaurado en su cargo en enero de 1859 y relevado nuevamente por Miguel Miramón en febrero del mismo año.

[87]​ Finalmente, la guerra civil que había agotado y empobrecido al país comenzó a concluir en 1860.

[96]​ Las tropas francesas no aceptaron los Tratados de la Soledad, permanecieron en Orizaba y se decidieron a ocupar el país.

El 4 de mayo, elementos del ejército mexicano se enfrentaron y derrotaron en la Batalla de Atlixco a soldados conservadores comandados por Leonardo Márquez que se dirigían a Puebla para apoyar al ejército francés.

El 31 de mayo, Juárez y su gabinete abandonaron la Ciudad de México y se instalaron en San Luis Potosí, comenzando así su "gobierno errante", que se asentó finalmente en Paso del Norte, hoy Ciudad Juárez.

La Junta nombró el 24 de junio un triunvirato para encargarse del Poder Ejecutivo compuesto por Juan Nepomuceno Almonte, José Mariano Salas y Pelagio Antonio de Labastida, quien debido a su ausencia fue sustituido temporalmente por Juan B.

Lombardini otorgó a Santa Anna "facultades extraordinarias" para gobernar y le entregó la presidencia el mismo 20 de abril.

Debido a que durante la mayor parte del tiempo en que Juárez gobernó, fue un periodo de guerras civiles e invasiones extranjeras, no siempre tuvo autoridad sobre la totalidad del territorio mexicano, pero incluso durante el Segundo Imperio Mexicano, Juárez fue reconocido como presidente de México por las fuerzas liberales republicanas que finalmente derrotaron al Imperio y restablecieron la república.