Durante su juventud, vio los múltiples conflictos que la recién independiente Guatemala debería afrontar por las pugnas entre liberales y conservadores; no ejerciendo protagonismo político, no obstante, propugnó cierta afinidad al partido conservador del Clan Aycinena, partido de tendencia absolutista y negado a reformas ya que de esta forma protegía los privilegios que había ostendado durante la colonia española.
En 1844 Milla y Vidaurre, quien era liberal por ese tiempo, le escribió este himno crítico y mordaz al teniente general Rafael Carrera, himno que los liberales se memorizaron de tanto repetir, a pesar de su escasa calidad poética:[6] Tiranuelo opresor de un pueblo inerme Zorra cobarde que acomete osada a un gallinero que tranquilo duerme.
General, director, héroe, caudillo; Arcángel, qué sé yo cómo te llaman.
Entre bordados mal envuelto pillo Ya los pueblos, de ti venganza claman.
[7] El área que ocupa Belice en la península de Yucatán nunca fue ocupada por España o Guatemala, aunque España efectuó algunas expediciones exploratorias en el siglo xvi que le sirvieron de base para luego reclamar el área como suya;[9] Guatemala simplemente heredó ese argumento para reclamar el territorio, pese a que nunca envió expediciones al área luego de la independencia debido a las guerras que se produjeron en Centroamérica entre 1821 y 1860.
[9] Por su parte, los ingleses habían establecido pequeños asentamiento desde mediados del siglo xvii, principalmente para bases de bucaneros y luego para explotación maderera; los asentamientos nunca fueron reconocidos como colonias británicas aunque estaban de alguna forma regidos por el gobierno inglés en Jamaica.[9].
En Guatemala, el gobernador Mariano Gálvez entregó varias concesiones territoriales a ciudadanos ingleses, entre ellos la mejor hacienda de la Verapaz, Hacienda de San Jerónimo; estos tratos británicos fueron aprovechados por los curas párrocos en Guatemala —ya que el clero secular no había sido expulsado por no tener propiedades ni poder político— para acusar a los liberales de herejía e iniciar una revolución campesina contra los herejes liberales y a favor de la verdadera religión.
[b][11] Cuando llegó Rafael Carrera al poder en 1840 luego del triunfo de la revolución, no solamente no continuó con los reclamos sobre el territorio beliceño, sino que estableció un consulado guatemalteco en la región para velar por los intereses de Guatemala en ese importante punto comercial.
[9] El comercio beliceño fue preponderante en la región hasta 1855, en que los colombianos construyeron un ferrocarril transoceánico en Panamá en 1855, permitiendo que el comercio fluyera más eficientemente en los puertos del Pacífico guatemalteco; a partir de este momento, Belice empezó a declinar en importancia.
[9] Cuando se inició la guerra de Castas en Yucatán —alzamiento indígena que dejó miles de colonos europeos asesinados— los representantes beliceños y guatemaltecos se pusieron en alerta; los refugiados yucatecos llegaban huyendo a Guatemala y a Belice e incluso el superintendente de Belice llegó a temer que Carrera —dado su fuerte alianza con los indígenas guatemaltecos— estuviera propiciando las revoluciones indígenas en Centroamérica.
[6] El controversial tratado Wyke-Aycinena de 1859 tenía dos partes: Entre los firmantes del tratado, se encontraba Milla y Vidaurre, quien en ese entonces laboraba junto a Aycinena en el Ministerio de Relaciones Exteriores.
[8] Hubo algunas protestas del cónsul estadounidense en Guatemala, Beverly Clarke, y de algunos diputados, pero el asunto se dio por terminado.
[16] Antes del fallecimiento de «don Pepe Milla», como lo llamaban los habitantes de la hacienda de Quesada, ellos habían tratado con él la compraventa del inmueble, pero debido al óbito las diligencias del contrato las realizaron su esposa y demás herederos, interviniendo en gran parte para que esta fuera destinada única y exclusivamente a los colonos.