[3]​ En 1821 alcanzó el grado de coronel gracias a Simón Bolívar.

Según cuenta el mismo Ortega en sus memorias, con 13 años estuvo presente en la firma del acta.

De hecho, su padre y José María Carbonell estaban conjurados contra la administración española.

Su rápido ascenso en la jerarquía militar le valieron elogios del coronel José Ramón de Leyva.

Ortega logró después que Morales lo destinara a la compañía de Pedro Salgar del Batallón Nacional, en lugar que ser enviado a Simaña bajo las órdenes del teniente Hermógenes Maza.

Eliminó las comandancias particulares y en su lugar creó la comisaría general de guerra.

Ortega asumió junto al arzobispo Fernando Caicedo y Flórez (tío del presidente), Félix de Restrepo, Juan Fernández de Sotomayor, Manuel Benito Rebollo, Modesto Larrea, Vicente Álvarez, José Joaquín de Olmedo, Vicente Azuero, Diego Fernando Gómez, José Fábrega y Vicente Borrero.

Cuando Joaquín Mosquera asumió la presidencia, confirmó en sus cargos a los consejeros de estado.

Ortega ocupó la secretaría hasta el 18 de noviembre de ese año, cuando la confrontación interna escaló al punto que solamente Bogotá, Neiva, Buenaventura y Chocó permanecían leales al gobierno.

Las tropas lideradas por José María Obando estaban empezando a tener importantes avances.

[13]​ En una segunda ocasión, Ortega sirvió al gobierno en la cartera de defensa.

Ortega no tuvo mayores sobresaltos durante su estancia en la cartera de guerra, ya que el país no entró en conflictos internos ni externos hasta el año siguiente.

Tuvieron como hijos a Mercedes, Emilia, Ulpiana y José María Ortega Párraga.

[15]​ Fue padrino de este matrimonio el ilustre Simón Bolívar.José María fue padre de Belén Ortega Ortega, quien se convirtió en esposa del empresario Tomás Samper Brush (hijo del político Miguel Samper Agudelo).