Estudió el bachillerato en el Gimnasio Moderno, se licenció como abogado y economista en la Pontificia Universidad Javeriana y realizó en México una especialización en mercado de capitales en la Compañía Nacional Financiera.

En 1982, el expresidente Alfonso López Michelsen lo llamó para que fuese el gerente de su campaña por la reelección, pero fueron derrotados por el conservador Belisario Betancur.

Allí militaron miembros que iniciaron su caminar político como Álvaro Uribe Vélez, expresidente de la República, José Name Teran, exsenador cordobés, quien se distanció del movimiento tras avalar a Fuad Char para la Gobernación de Atlántico, Aurelio Iragorri, exsenador del Cauca y líder del Partido de la U, Alfonso López Caballero, diplomático y exsenador colombiano, Alfonso Valdivieso y José Blackburn, líderes del Nuevo Liberalismo, entre otros.

Ese mismo año fue nombrado ministro de Desarrollo por el presidente Gaviria.

En el 2014, fue elegido como secretario general de la Unasur, cargo en el que estuvo por un período, y luego reelegido hasta el 2017.

[11]​ En 2019, fue citado por la JEP para que declarara su participación en el asesinato del líder conservador Álvaro Gómez Hurtado, en el marco del proceso 8000,[12]​[13]​ a lo que declaró que no había tenido participación en el hecho, siendo el primer expresidente de la república en acudir al tribunal de justicia especial para la paz.

[17]​[18]​ Elegido Petro en junio de ese año, Samper celebró públicamente su elección.

Su familia inmediata, de origen español, ha tenido fuerte influencia en aspectos políticos, económicos, sociales y culturales a los largo de casi trescientos años en Colombia y Latinoamérica.

Sus parientes han sido destacados personajes de la vida nacional, y su árbol genealógico es complejo por estar emparentado con varias personas de la historia colombiana.Ernesto es hijo del periodista colombiano Andrés Samper Gnecco y de su esposa Helena Pizano Pardo, siendos sus hermanos Daniel, María Fernanda, Juan Francisco y José Gabriel (estos dos últimos ya fallecidos) Samper Pizano.

Uno de sus parientes lejanos era el piloto Ernesto Samper Mendoza, quien comandaba el avión en el que viajaba el cantante argentino Carlos Gardel cuando ocurrió el accidente de Medellín, en el que falleció el músico, en 1935.

Andrés, también llamado Tito,[40]​ es músico, musicólogo y catedrático de la Universidad Javeriana.

Con Jacquin, Ernesto tuvo a sus hijos Miguel y Felipe Samper Strouss.

Miguel, es político y abogado, viceministro de justicia durante el gobierno de Juan Manuel Santos, y está casado desde 2017 con Camila Villegas Ricaurte, con quien tiene a su hija Miranda Samper Villegas.