Posteriormente ingresó a la Escuela Militar donde recibió la estrella de Subteniente.

Como tenía dos encargos y ninguno sin nombramiento oficial, al poco tiempo renunciaría a ambos.

La gestión durante su mandato le otorgó el título de El restaurador[5]​ dado que organizó fondos bibliográficos, impulsó comunicaciones a nivel editorial y radial y le brindó un nuevo edificio a la biblioteca, inaugurado el 20 de julio de 1938 y diseñado por Alberto Wills Ferro.

Su padre era hijo del político liberal Miguel Samper Agudelo, llamado El gran ciudadano, quien sería el último candidato del partido liberal a la presidencia de Colombia, antes de la Guerra de los Mil Días, y hermano del empresario Joaquín Samper Brush; él y sus hermanos fueron los fundadores del hoy Grupo Energía Bogotá.

Daniel contrajo nupcias con su María Amalia "Mayita" Gnecco Fallón, nieta del poeta Diego Fallón, con quien tuvo a sus hijos; el exministro Armando y el escritor y diplomático Andrés Samper Gnecco.

Su hijo Andrés se casó con Elena Pizano Pardo (sobrina nieta del artista Roberto Pizano Restrepo) con quien tuvo a sus hijos, el periodista y escritor Daniel, el político Juan Francisco y el abogado y político Ernesto Samper Pizano, expresidente de Colombia.

[1]​ Por su parte Armando fue el padre del botánico colombo-estadounidense Cristián Samper Kutschbach.