[2] La iglesia sustituyó a la iglesia de san Pedro y san Pablo, del siglo XVI, que fue demolida, junto al primitivo Colegio Imperial, siguiendo las instrucciones dejadas en su testamento por María de Austria (1528-1603), hija del emperador y rey de España Carlos I.Su interior fue reformado en ocasión a la nueva advocación por el arquitecto neoclásico Ventura Rodríguez, que proyectó un nuevo presbiterio y el retablo del altar mayor, además de una rica decoración.[5] Sin embargo, la destrucción de numerosas imágenes, retablos (incluyendo el mayor), pinturas y los daños en la propia estructura del templo fueron muy grandes.Asimismo se hizo una réplica fiel del retablo mayor de Ventura Rodríguez, por la casa Granda.Fue levantado en estilo barroco por arquitectos jesuitas, que siguieron el modelo definido en la iglesia del Gesù, de Roma.La fachada principal, que da a la calle de Toledo, destaca por su aire monumental con reminiscencias palaciales.Estas son de planta cuadrada y presentan balaustrada intermedia.Están rematadas por chapiteles octogonales, que terminan en aguja, añadidos durante la reforma del siglo XX.En la nave mayor, frente al presbiterio, sobresale el púlpito, realizado en una combinación de mármoles polícromos.No obstante, fue reproducido fielmente en sus formas en el actual retablo por los artistas José Lapayesse y Félix Granda tras la Guerra Civil.
