Entre sus profesores estaban August Ludwig von Schlözer, que ejerció una profunda influencia en Stein y quien buscaba reconciliar el moderno pensamiento constitucional con las ideas conservadoras sobre la antigua liberalidad alemana.Stein justificó este paso citando su admiración por Federico II y la liberalidad del Estado prusiano, que le ofrecía buenas probabilidades de avance.Su carrera fue apoyada y promovida en esta oficina por el ministro Friedrich Anton von Heynitz.Con ella Stein tuvo tres hijas, de las cuales Henriette (* 1796) y Therese (* 1803) sobrevivieron pasada la niñez.En este tiempo Stein favorecía políticamente un sistema constitucional de tipo inglés, aunque al comienzo también tuvo algunas simpatías por la Revolución francesa.Este cambio fue causado, en parte, por su contacto con emigrantes franceses de alto rango que se habían refugiado en Hamm.A Stein también le dejó una impresión duradera sobre estos hechos el libro de Edmund Burke „Reflection on the Revolution in France“.[7] Aunque Stein era un patriota del Imperio y no sólo un burócrata prusiano, estuvo de acuerdo con los cambios territoriales dictados por Napoleón en el occidente del Imperio y, sobre todo, con la secularización de los territorios eclesiásticos.Estas ganancias territoriales no fueron duraderas, pues tras el Tratado de Tilsit, Prusia perdió sus territorios en Westfalia.Stein protestó contra estas acciones con insistencia y, por presión del emperador Francisco II, concluyó la ocupación.Este episodio produjo un enfrentamiento duradero entre Nassau, el Marschall von Bieberstein y Stein.Posteriormente fue también responsable del comercio marítimo y el Real Banco Central (Königliche Hauptbank).Por esta razón, recomendó reformas fundamentales en la estructura del Estado para crear una base estable con la cual poder continuar los esfuerzos bélicos.Además, el ejército prusiano fue limitado a tener solo 40.000 hombres y a ceder sus fortificaciones más importantes al ejército de ocupación francés de 150.000 hombres, quienes tenían que ser pagados y mantenidos por Prusia.Propuso que el gobierno de las provincias, distritos y municipios se ejerciera independientemente por administradores locales.Crear la armonía entre el espíritu de la nación, sus opiniones y necesidades, con las autoridades del Estado.En su lugar se creó un Ministerio de Estado (Staatsministerium) con cinco carteras: Interior, Finanzas, Relaciones Exteriores, Guerra (Defensa) y Justicia.Además se disolvieron varias agencias del gobierno que en muchas ocasiones trabajaban unas contra otras.La actitud hostil de Stein contra los ocupadores quedó plasmada en una carta interceptada por los franceses, quienes la publicaron en el periódico gubernamental Le Moniteur.Napoleón utilizó la carta para presionar a Prusia y forzar las "contribuciones" monetarias que pedía.[15] Desde España Napoleón dictó una orden al ejército que declaraba a Stein enemigo de Francia.Aunque Stein era protegido por Hardenberg, ambos tenían no solamente puntos de vista políticos distintos, sino también una conducta personal diferente.En el exilio esbozó varios modelos para una constitución alemana, en los que tenía un papel la resurrección del viejo Sacro Imperio Romano Germánico.No obstante, aún en 1811 Napoleón miraba a Stein, con cierta razón, como la posible cabeza de una insurrección en los Estados alemanes.Stein apoyó a Justus von Gruner, quien desde Praga estaba creando una red de espionaje.[19] Tras la batida en retirada de la Grande Armée, Stein se trasladó con el cuartel general del Zar rumbo a la frontera con Prusia.Los territorios administrados por esta autoridad incluían Westfalia, Berg, Fráncfort y el reino de Sajonia, cuyo rey Federico Augusto I fue hecho prisionero por su lealtad a Napoleón.Este consejo administrativo fue disuelto el 21 de octubre de 1813 y en su lugar se creó el Departement Central d'Administration, también dirigido por Stein, que administró los territorios en la ribera izquierda del Rin y los territorios franceses ocupados por la coalición aliada.No quería un regreso al Reich del siglo XVIII, sino que proponía una federación dominada por Prusia y Austria.[22] En el año 1814, Stein recuperó las propiedades incautadas por Napoleón en Nassau, además de una considerable indemnización.
El Palacio Donner (hoy
Palacio am Festungsgraben
) en
Berlín
, lugar donde Stein residió durante su tiempo como Ministro de Finanzas. A partir de 1808 pasó a ser sede del Ministerio de Finanzas.