Aunque su nombre de pila era Heinrich Eduard, publicó sus obras con el nombre de Eduard Heine, probablemente para no ser confundido con el célebre poeta alemán Heinrich Heine.
[3] En 1840, Heine regresó a Berlín, donde estudió matemáticas con Peter Gustav Lejeune Dirichlet, al tiempo que frecuentaba las clases de Jakob Steiner y Johann Franz Encke.
En Königsberg, Heine entabló relación con sus compañeros de estudios Gustav Kirchhoff y Philipp Ludwig von Seidel.
El matrimonio tuvo cinco hijos, cuatro mujeres y un varón.
Está enterrado en el cementerio Stadtgottesacker de Halle, donde más adelante también reposaría su hija, la escritora Anselma Heine.
Su obra más destacada, publicada en 1861 y reeditada en numerosas ocasiones, es el Handbuch der Kugelfunctionen ("Manual de armónicos esféricos") , que se utilizó como manual de referencia para las funciones esféricas hasta bien entrado el siglo XX.