A unos 8 km del núcleo urbano estaba situada la villa romana de Mellaria.
Es famoso por los sucesos históricos del siglo XV que inspiraron la obra teatral Fuenteovejuna (1619) escrita por Lope de Vega.
[1] En la tradición del pueblo se dice que el nombre romano del pueblo era Fons Mellaria, fuente de miel, del que inicialmente se obtendría Fuente Abejuna y posteriormente Fuente Obejuna, sin embargo esta interpretación, como se verá, es probablemente una leyenda, la realidad es más compleja y no está aclarada.
El uso de Fuente Abejuna y Fuenteabejuna es posterior al siglo XV.
Alfonso de Palencia en su Gesta (a veces conocida como Crónicas), escrita en latín a finales del siglo XIV, llama al pueblo Fontem Velunae y no Fons Mellaria.
Esta probable invención fue arrastrada durante siglos en distintos textos[1] y aún persiste el equívoco.
Existe la confusión de considerar que Fuente Obejuna y Mellaria es la misma ciudad.
Su importancia la demuestra el hecho de que solo hubiese dos o tres ciudades con esta categoría en la sierra cordobesa.
Todavía en los siglos III y IV d. C. tuvo un apogeo, para desaparecer poco después coincidiendo con la caída del Imperio romano de Occidente y el consiguiente abandono de la península ibérica.
Desde entonces la zona debió de estar escasamente poblada hasta la repoblación cristiana en los siglos XIII y XIV.
En 1476, tiene lugar una sublevación en la que los vecinos matan al comendador Fernán Gómez de Guzmán.
Las causas que provocaron la muerte del comendador Fernán Gómez de Guzmán son controvertidas.
Durante los siglos XV y XVI Fuente Obejuna adquiere un importante desarrollo.
La decadencia se prolonga durante los siglos XVIII y parte del XIX.
Durante este conflicto bélico (1936-1939) el pueblo alternó su pertenencia a los distintos bandos.
[10] Tras la contienda el municipio aún tuvo cierto desarrollo, si bien la población no experimentó grandes cambios.
Ya en las décadas de 1960 y 1970 se produjo una importante emigración tanto desde el núcleo urbano como desde las aldeas.