Sus principales afluentes son los ríos Guadamatilla, Guadalmez, Esteras y Guadalemar, por la margen derecha; y el Guadalefra, por la margen izquierda.

Después del embalse del Zújar, recorre todavía unos kilómetros hacia el oeste para desembocar en el río Guadiana cerca de Villanueva de la Serena (Badajoz).

Con una pluviometría irregular, el río Zújar está regulado por dos embalses.

En 1964 se construyó el embalse llamado del Zújar, dentro del Plan Badajoz que dotó a la cuenca del río Guadiana con abundantes recursos para su aprovechamiento en riegos y producción de energía eléctrica.

Más de veinte años después, cortando la cola del embalse construido; es decir, aguas arriba, se inició en 1986 un nuevo embalse sobre el río Zújar.