Tras 54 km aproximados de recorrido, vierte sus aguas al río Zújar.
[4] Dos tramos distintos del Guadamatilla has sido declarados Zona Especial de Conservación (ZEC).
[5] Por otro lado, la ZEC Río Guadamatilla (ES6130011) ocupa los primeros tramos del río que le da nombre, en un recorrido algo superior a 14,5 km, en el término municipal de Hinojosa del Duque.
[5] La fauna característica es la típica de ribera, destacando la nutria, el galápago leproso, la boga del Guadiana, el barbo comizo o la pardilla.
También están presentes especies de peces como el pez fraile; diferentes anfibios como el sapillo pintojo ibérico o la subespecie de salamandra que se extiende por Sierra Morena; y aves como el martín pescador y varias rapaces.