Después del golpe de Estado protagonizado por Hugo Bánzer, fue perseguido por su tendencia política y decidió refugiarse en Santa Cruz, donde trabajó cinco años en los campos de caña, arroz y algodón.
[11] En 1983 volvió a Bolivia y en 1986 formó la organización política Ayllus Rojos, el brazo político aimara y quechua que propuso construir un katarismo revolucionario, haciéndole frente al neoliberalismo dentro del katarismo al recuperar la rama indianista de Reinaga.
Ahí decidió terminar el bachillerato e inscribirse a la carrera de Historia.
De esta década data su famosa frase vertida durante una entrevista con la periodista Amalia Pando antes de ser detenido por sus actividades con el EGTK, cuando al ser consultado por qué peleaba, Quispe respondió: A mi no me gusta que mi hija sea su empleada de usted.
[9]"Quiero ver jugar en la Liga a los Quispe, Mamani, Condori, Yujra, a los despreciados, gente que no es tomada en cuenta para los partidos que se juegan en los equipos profesionales”[9]En 2016 apuntó que mantenía su aspiración a gobernar[19] y en 2020 ganó notoriedad nuevamente durante los conflictos políticos que exigían elecciones nacionales lo antes posible y denunciaban la mala administración gubernamental de Jeanine Áñez,[20] incluyendo diversas denuncias de corrupción.
[22][23] En las primeras encuestas realizadas en 2021 para conocer la posición de los candidatos a gobernadores y alcaldes en Bolivia, Felipe Quispe lideraba la intención de voto con un 25% [24] Aficionado al fútbol, el veterano líder indígena era fundador y director técnico del Pachacuti.
[29] A su vez el presidente Sánchez de Lozada le restó importancia a los conflictos que surgieron[30] En un vaivén de alianzas y desalianzas[31] pidió al presidente atender su pliego, independiente del MAS y la COB, en una población.
[32] Cuando empezaron las negociaciones con Chile por el gas, la CSUTCB amenazó con ir a bloqueo de nuevo.
[34] Pronto el MAS tomaría poder de la CSUTCB marginando a Quispe generando organizaciones paralelas.
[40] Aunque si suspendió su huelga de hambre junto con otros 14 dirigentes, rompen el diálogo con el gobierno e insta a sus bases al plan "pulga, tarajchi y siquititi".
[47] Felipe Quispe estuvo presente con la CSUTCB en una masiva manifestación contra la exportación de gas por Chile.
[48] Dos mil campesinos entran en huelga de hambre liderados por el Mallku, quien se manifiesta en contra de los productos transgénicos y foráneos que quitan espacio a los productos naturales y locales.
A Quispe le corresponde el bloqueo económico con la CSUTCB como parte de varias organizaciones que se oponen a los proyectos que la megacoalición tienen con el gas.
[60] El gobierno manda a la ministra de Participación Popular, Mirtha Quevedo y de Asuntos Campesinos, Guido Añez, a dialogar con Quispe quien recibe en la radio San Gabriel al gremio de los choferes que marcharon desde Calamarca, e insiste que la reunión con el gobierno sea en Warisata.
[61] Los ministros temen ser secuestrados si aceptan los pedidos del líder campesino quien abraza las peticiones de la COB pero descarta hacer un frente único.
[62] El Mallku propone reunión en Cuzco como territorio neutral, dice que son ellos, como originarios quienes deben decidir sobre la venta del gas.
Ve nerviosismo en el gobierno a quienes acusa de difamación hacia su movimiento,[66][67] y que quieren hacerlos enfrentar entre ellos mismos.
[68] Entonces la CSUTCB exige una Asamblea constituyente para refundar el país,[69] el gobierno desconoce la autoridad de Quispe[70] pero después volvieron a intentar un diálogo con el[71] ya que lideraba los bloqueos en Larecaja, Manco Kapac, Muñecas y Omasuyos desde hace tres semanas y luego Los Yungas se adhirió.
[81] Por la sangre derramada dice que es muy tarde y ya no es tiempo para negociar, deben irse.
[82] Finalmente Gonzalo Sánchez de Lozada renuncia el 17 de octubre, el Mallku da una advertencia al nuevo presidente Carlos Mesa, que si es igual a su predecesor lo sacarán.
Continúan los bloqueos[83] y le recuerda sobre el pliego petitorio de 72 puntos al que le suman el Código Tributario, y la Ley de Hidrocarburos.
[86] Se anuncian marchas para hacer un gran cabildo en la plaza San Francisco.
[92] Ante el intento de un referendo para solucionar el tema del gas, cívicos de Tarija rechazan la medida por lo cual el líder indígena acusa de traidores y vendepatrias; y encara a la población a no dejarse engañar por ellos ni por las transnacionales.
[98] En una entrevista advierte que su finalidad es obtener el poder, y hacer una revolución agraria.
[100] Además increpó al ministro de educación por haber sido designado por el MAS, y a todos les dijo que gracias a los muertos es que ellos son ministros en ese momento.
[101] Esos días se llevó a cabo un Encuentro Social Alternativo "Por la soberanía de los pueblos" en Santa Cruz, en el que la CSUTCB participó en el Foro debate: Asamblea Nacional Constituyente.
[111] Su hijo mayor, Ayar Quispe, antropólogo y militante indianista en el EGTK y escritor, fue asesinado a golpes sin piedad en la ciudad de El Alto en 2015 a los 48 años.