Nació en la ciudad de Arequipa, siendo sus padres Carlos Lissón Hernández y Dolores Chávez Fernández.[1] Cursó sus primeros estudios en el Colegio San Vicente de Paúl, dirigido por el padre Hipólito Duhamel, y, terminados estos, ingresó al Seminario Mayor.[2][3] Después de su ordenación sacerdotal en París en 1894, volvió a Arequipa, donde se graduó en Ciencias en la Universidad Nacional de San Agustín, a la vez que desarrolló su labor sacerdotal.Merced a esta gestión, en 1913 llegaron seis sacerdotes y seis hermanos, quienes trabajaron hasta 1918, desarrollando una esforzada labor misional en el inmenso territorio del obispado, que abarcaba los actuales departamentos de Amazonas, San Martín y Loreto, en la selva amazónica peruana.A lo que Lissón contestó: «Santo Padre, afortunadamente lleno esa exigencia pastoral».Vivía en el seminario para conocer mejor a sus seminaristas, con quienes charlaba por las tardes.Personalmente o bajo su dirección, impulsó la instrucción del catecismo en toda su arquidiócesis.En 1919 viajó a Roma para interceder ante el papa por los católicos de Tacna y Arica, provincias peruanas que desde 1880 estaban ocupadas por los chilenos, quienes ilegalmente las mantenían en cautiverio, cometiendo una serie de tropelías contra la población peruana.No tuvo éxito en su proyecto de fundar la Universidad Católica Bartolomé Herrera, por lo que brindó su apoyo a la Universidad Católica del Perú fundada en 1917 por el padre de los Sagrados Corazones, Jorge Dintilhac SS.CC.Por esa época el anticlericalismo decimonónico estaba ya en retroceso y se iba gestando la necesidad de afianzar la influencia espiritual de la Iglesia en la vida social y política del Perú, para lo cual se hacía indispensable el apoyo oficial del Estado.Se le acusó de haber intentado legitimar la dictadura leguiísta aprovechando el sentimiento católico del pueblo peruano.Nunca se comprobó que hubiera algo irregular en todo ello.[1][6] Algunos años después, sus acusadores le pidieron perdón y reconocieron que sus imputaciones eran injustas.Obligado prácticamente a abandonar Lima, Lissón marchó Roma, simulando una visita ad limina, cuando en realidad se trataba de un destierro.[1] En los archivos del Vaticano se dedicó a recopilar documentación sobre la historia de la Iglesia en el Perú.
Fotografía de monseñor Emilio Lissón en sus postreros años.
