[1] En 1883 fue nombrado rector del seminario de Santo Toribio, cuyas rentas administró y acrecentó, cancelando sus deudas.Simultáneamente continuó ejerciendo la docencia en la Universidad de San Marcos.El papa Pío X lo preconizó el 16 de diciembre del mismo año.Para suplir la escasez del clero secular, admitió en la arquidiócesis a los canónigos regulares de la Inmaculada y a los Hijos del Corazón de María.[1][4] En 1915, bajo el segundo gobierno de José Pardo, se reformó la Constitución del Perú, proclamándose la libertad de cultos, modificándose así la situación privilegiada que hasta entonces había tenido la Iglesia Católica.Así nació la Universidad Católica del Perú, fundada en 1917, y a la que la Santa Sede le otorgaría la categoría de Pontificia en 1942.
Fotografía del arzobispo Pedro García Naranjo.
Retrato de monseñor García Naranjo que se halla en la Galería de retratos de arzobispos de la Catedral de Lima.
