En 1814, cuando Arequipa fue ocupada por las fuerzas revolucionarias de Mateo Pumacahua, se trasladó a Lima.

[2]​ Por su parte, el papa León XII lo nombró prelado doméstico y asistente al sacro solio pontificio (1827).

[1]​[20]​ La respuesta a su carta se la envió el nuevo papa, Pío VII, quien le alentó a que continuara al frente de su feligresía y le extendió facultades para que pudiese atender las necesidades del pueblo católico.

[2]​ Por su parte, el papa Gregorio XVI, al no existir todavía nuncio apostólico en el Perú, nombró a Goyeneche como delegado apostólico y visitador de los regulares de ambos sexos en toda la República Peruana (1832).

Gobernó por esos años de manera pacífica y entendiéndose con los gobiernos políticos de turno, pese a las guerras y los cambios radicales que se sucedían.

[2]​[23]​ Al quedar vacante la sede arquidiocesana limeña por muerte de monseñor José Manuel Pasquel, el presidente Ramón Castilla propuso a Goyeneche para arzobispo de Lima.

El secretario de Justicia, Culto e Instrucción, señor José Simeón Tejeda, consideró que no se había hecho ese pase, por lo que se habría incumplido lo establecido en la ley del patronato nacional.

La justicia le dio empero la razón a Goyeneche, al demostrarse que el pase se había hecho durante el gobierno de Juan Antonio Pezet.

Dio todo su apoyo al vicerrector del seminario, Juan Ambrosio Huerta.

El gobierno se negó inicialmente, cuestionando lo del derecho a sucesión.

No insistió Goyeneche en esto último, por lo que su pedido fue finalmente aceptado, siendo elevadas las preces al papa.

Su sucesor en el arzobispado fue monseñor Manuel Teodoro del Valle, entonces obispo de Huánuco.

Pero este no llegó a ocupar la silla, siendo entonces elegido Orueta como nuevo arzobispo.

Sin embargo la Santa Sede entendió que estando aún relativamente reciente la independencia de la República Peruana y la inexistencia de relaciones diplomáticas ni tratado de paz con España, esta concesión podría ser mal recibida por el gobierno español, por lo que el asunto quedó paralizado.

El gobierno de José Balta renovó dichas gestiones en 1870, pero dos años después falleció Goyeneche.

[28]​ No fue sino hasta 1935 en que la Santa Sede concedió el Cardenalato a un pastor de una diócesis sudamericana.