La colonia prosperó pronto y se construyeron unas grandes murallas, sometiendo a los brucios de los alrededores.
Las ciudades de Lametinos, en el golfo Hipónico, y Esciletio,[6] al otro lado del istmo, se cree que le estuvieron sometidas.
Parece que estuvo en buenas relaciones con Síbaris, con la que compartía un origen común aqueo, aunque no llegó al nivel de riqueza y sofisticación de la ciudad vecina.
Con el tiempo la popularidad de Pitágoras decayó y estalló una revolución democrática contra su influencia; Pitágoras fue expulsado, pero según dicen, no sobrevivió a la revuelta y murió en 507 a. C. El gran consejo fue derrocado y se estableció la democracia; en otras ciudades de la Magna Grecia donde Pitágoras también había adquirido influencia, se produjeron asimismo revoluciones democráticas.
En los tiempos en que Pitágoras era influyente estalló una guerra con Síbaris que acabó cuando el ejército de Crotona, al mando del atleta Milón, discípulo de Pitágoras, ganó la batalla del río Traeis y ocupó Síbaris y la destruyó seguidamente (510 a. C.)[8][9][10] Polibio afirma que después de la expulsión de Pitágoras, Crotona hizo una alianza con Síbaris y Caulonia,[11] pero como Síbaris ya estaba destruida, cabe pensar que fue con sus antiguos habitantes.
Más tarde Crotona fue derrotada en el río Sagra por un ejército de Locros y Regio.
El ejército de la ciudad fue confiado al general Menedemos, que derrotó a los exiliados pero se hizo él mismo con el poder como déspota hasta que Crotona cayó en manos de Agatocles de Siracusa, que estableció allí una guarnición; no se sabe cuánto tiempo la dominó, pero finalmente recuperó la independencia, aunque ya su poder era mucho menor.
Crotona, muy malograda y decaída, quedó como ciudad aliada de la República romana.
Aníbal instaló en la ciudad sus almacenes principales y la tuvo como cuartel durante tres inviernos.
Nueve kilómetros al sudeste de la ciudad está el cabo Lakinion, hoy Capo Colonna.
También se sitúa como lugar de nacimiento del héroe mitológico Autoleón.