Está unido al mar Tirreno a través del estrecho de Mesina y al mar Adriático a través del canal de Otranto.

Esta zona de subducción involucra a la Placa Africana hundiéndose bajo la Placa Euroasiática, lo que da lugar a la formación de los Apeninos en Italia y el Arco Helénico en Grecia.

Es parte del arco montañoso que comienza en los Alpes, se extiende después al este por los Alpes Dináricos, las montes Šar y luego continúa (después del Pindo) por el Parnaso y las montañas del Peloponeso, para tras atravesar las islas de Citera, Creta, Kárpatos y Rodas, terminar con el montes Tauro, ya en el Asia Menor.).

Estas montañas están formadas principalmente por una combinación de rocas sedimentarias y metamórficas.

La interacción entre el levantamiento tectónico y la erosión ha creado un paisaje costero dramático.

El nombre de mar Jónico se dio por primera vez a la parte del mar comprendida entre Corcyra (Corfu) y Promontorio Iapigio (sur) y la costa italiana a la entrada del Adriático (norte), y por extensión también a la parte sur del Adriático hasta el Gargano (Heródoto, Tucídides).

En el siglo I, Estrabón dio el Promontorio Acrocerauno como límite septentrional del mar Jónico y especificó (en el Libro VII) que "El golfo Jónico es parte de lo que ahora se llama Adriático", mientras que indicó el sur del mar Jónico como el mar de Sicilia, es decir, la parte entre Sicilia y el Peloponeso.

Para Ptolomeo, las localidades de los Peucetios (Egnatia, Barium), y las localidades de los Apuli Dauni (Salapia, Sipuntum, Apenestae, Monte Gargano e Hyrium) se encuentran en el mar Jónico, mientras que las localidades de los Frentani (Río Tifernus, Buca e Histonium) están en el golfo del mar Adriático.