Los pantanos hacían que el emplazamiento de la ciudad fuera algo insalubre, pero por otro lado la ubicación era ventajosa por otros motivos.

Los primeros colonos se asentaron en la isla de Ortigia, y la ciudad quedó confinada en ella durante bastante tiempo.

Epicarmo utilizó el nombre de Syrakos para la ciudad, pero parece que lo hizo principalmente con fines poéticos.

[4]​ Los etnónimos Syrakūsios (Συρακούσιος), Syrakosios (Συρακόσιος) y Syrēkosios (Συρηκόσιος) se usaron para los ciudadanos de la ciudad, más tarde en latín Syracusanus.

Sin embargo, ninguna de estas ciudades alcanzó especial importancia y, al parecer, Siracusa intentó mantenerlas bajo su control.

Más tarde, la ciudad parece haber sido gobernada por una oligarquía, encabezada por una familia o partido de los geómoros.

También podría haber conquistado Siracusa en ese momento, si los corintios y Córcira no hubieran negociado la paz.

[4]​[12]​ Siracusa habría pensado que esto habría llevado a Gela al poder, pero en realidad fue al revés: Gelón se dio cuenta de que Siracusa estaba mejor situada, la convirtió en su centro y comenzó a construir y fortalecer su nueva ciudad.

La propia ciudad comenzó a extenderse hacia la región atradiana, apta para asentar poblaciones más numerosas que Ortigia.

Sin embargo, esto provocó disturbios entre los habitantes más antiguos y los nuevos residentes traídos por Gelón.

[4]​[15]​ Siracusa acuñó monedas de bronce a partir del 400 a. C.[1]​ El periodo democrático duró unos 60 años, durante los cuales se dice que la ciudad alcanzó su mayor fuerza y prosperidad.

En ese momento, los atenienses navegaron hasta el puerto de la ciudad y se fortificaron en Dascón, en la desembocadura del río Anapo.

Sin embargo, los atenienses se vieron frenados por un brote de peste y temores supersticiosos sobre el eclipse lunar.

Atacaron a la flota ateniense en el gran puerto, destruyendo toda su ala derecha liderada por Eurimedonte) en la bahía de Dascón.

Animados por su victoria, decidieron intentar la destrucción de toda la flota y bloquearon el gran puerto, formando una cadena desde Ortigia hasta Plemirio con sus propios trirremes.

[4]​[19]​ La guerra contra Cartago comenzó en el año 397 a. C., y pronto se hizo evidente la importancia de las nuevas fortificaciones.

C..Según este tratado, Siracusa estaba gobernada por Acras, Heloro, Leontinos, Mégara Hiblea, Neetón y Tauromenio.

Sin embargo, se dice que los siracusanos, con la ayuda de Arquímedes, consiguieron incendiar los barcos con grandes espejos cuando la flota intentó atacar la propia ciudad.

Los cartagineses intentaron romper el asedio con un gran ejército liderado por Himilcón e Hipócrates y 150 barcos.

Parece que sufrió relativamente pocos daños en la invasión liderada por Marcelo, y muchos de sus edificios importantes seguían en pie.

Siracusa no se recuperó de este ataque durante mucho tiempo, aunque la isla permaneció habitada.

[6]​ La ciudad de Siracusa estaba dividida en su mayor extensión en cinco distritos: Ortigia, Acradina), Tyche, Neapolis y Epípolas.

[1]​[2]​[4]​[24]​ La fortaleza construida por Dionisio I estaba situada en el extremo norte de la isla, cerca del puerto pequeño y los muelles.

[30]​[31]​ El templo estaba situado en una zona de santuarios con estructuras y altares anteriores que se remontaban al 500 a. C..

El manantial sigue siendo visible, aunque cada vez más pequeño que en la antigüedad, presumiblemente a causa de los terremotos.

En ella se encontraban un teatro, un anfiteatro, el altar de Hierón II y un santuario dedicado a Apolo Temenitis.

[45]​ En época romana, cuando la zona se conocía en latín como Latomiae (o Lautumiae), servían de prisión general para toda Sicilia.

La parte oriental la conectaba con el recinto amurallado y contenía, entre otras cosas, grandes depósitos de agua.

Cerca del puente se erigía un gran monumento a Gelón y su esposa Demarata, con nueve torres.

Los siracusanos rindieron homenaje a su antiguo gobernante, pero el monumento en sí fue destruido por Himilcón y posteriormente las torres por Agatocles.