En ocasiones, el comandante general de Marina era un funcionario civil o bien un oficial naval de menor gradación que aquel que comandaba la Escuadra.
Esto se debe a que ese cargo era de carácter más bien administrativo y logístico.
Desde 1962, quien ejerce dicho cargo recibe el grado de almirante.
La lista que se presenta a continuación posee, sin duda, algunas omisiones involuntarias, producto de no encontrarse datos completos y fidedignos en algunos períodos, particularmente en situaciones de conflicto interno o externo, en especial en el período de organización de la República y la Guerra contra España.
Los comandantes en jefe de la Armada desde la creación del cargo en 1812, han sido los siguientes:[2]