Al año siguiente se trasladó a la Escuela Naval que funcionaba en la corbeta "Esmeralda".

Posteriormente estuvo embarcado en la corbeta "Magallanes", que llevó a cabo trabajos hidrográficos y atendió las necesidades de los colonos del estrecho homónimo.

Al declararse la Guerra del Pacífico, contra Perú y Bolivia, en 1879, el entonces Guardiamarina Pérez Gacitúa se encontraba en la corbeta "O'Higgins", la cual, comandada por el Capitán de Corbeta Jorge Montt, pasó a formar parte de la Escuadra, ascendiendo Pérez Gacitúa a Teniente 2.º el 10 de septiembre de ese mismo año.

Lindor Pérez Gacitúa fue ascendido a Teniente 1.º el 10 de septiembre de 1881, pasando a servir durante seis años en la Escuela Naval, donde tuvo entre sus alumnos a los futuros Almirantes Francisco Nef y Luis Gómez Carreño.

Comandada la Escuadra por el Capitán de Navío Jorge Montt, el Capitán Pérez Gacitúa tomó parte en las operaciones militares, al mando de la corbeta "O'Higgins".