La Subsecretaría de Marina de Chile (SUBSECMAR) era una subsecretaría de Estado dependiente del Ministerio del Defensa, que coordinaba las relaciones entre la Armada de Chile y el gobierno, y asesoraba al Ministro de Defensa en materias legales referentes a la actividad naval.

Fue creada el 21 de junio de 1887, cuando se reorganizaron los ministerios bajo el gobierno de José Manuel Balmaceda.

El 4 de febrero de 2010 se publicó la ley Nº 20.424,[1]​ que reorganizó el Ministerio de Defensa, suprimiendo las subsecretarías de Marina, Guerra y Aviación, y las reemplazó por la Subsecretaría de Defensa y la Subsecretaría de las Fuerzas Armadas.

Dicho cambio se hizo efectivo cuando asumió el gobierno de Sebastián Piñera, el 11 de marzo de 2010.