Desde su origen y por casi dos siglos el Colegio fue, como su nombre lo indicaba, un "Convictorio", del latín, cum vivere, vivir en común.
Durante este período, la educación en Hispanoamérica se encontraba principalmente a cargo de las órdenes religiosas.
Para ingresar al "Convictorio" se exigía “limpieza de sangre” y medios materiales que sustentaran la estadía del colegial.
En estas, se hallaban minuciosamente organizadas las leyes primordiales que especificaban los derechos y libertades de quienes componían la comunidad.
La renuncia voluntaria o compulsiva del hábito reunía carácter simbólico de degradación.
Durante ese primer año, el plantel tenía 168 esclavos; parte de este plantel estaba conformado por varios esclavos que fueron obsequio a Duarte y Quirós por parte de sus padres, entre ellos: Domingo, su entenado Juan mulato, Catalina su mujer; Esperanza con dos hijas llamadas Dominga y Pascuala; Ana con tres crías llamadas Inés, Francisca, Ignacia; María, Isabel, Jerónimo, Olalla.
Debido a los contratiempos que sufría deán Funes con su participación política tanto en la Revolución de Mayo, como diputado cordobés en la Junta Grande y su posterior condición de preso político, la presentación del nuevo plan se retrasó hasta 1813, para ponerse en vigencia en 1815.
Con ella, se iniciaba la carrera universitaria, incluyendo las bellas artes, la retórica y la poesía.
La pésima administración de la orden franciscana dejó a ambas instituciones en la ruina misma.
Inclusive la estancia de Caroya se veía afectada, puesto que sus productos no alcanzaban para sostener al alumnado.
Las finanzas franciscanas convirtieron a la anterior gloria jesuita, en una sombra de sí misma.
La cacería se extendió hasta Buenos Aires y Montevideo, siendo solamente capturados nueve de los veintidós esclavos detallados.
La lista habría sido confeccionada por un procurador que el deán Funes contrató para localizar a los fugitivos.
[10] Entre estas épocas, hubo diversas guerras, lo que trajo como consecuencia que la expropiedad del colegio, la estancia de Caroya, pasara a ser una fábrica de armas blancas (1814- 1816) debido al punto estratégico en donde se situaba, a orillas del Camino Real.
Desde entonces es un "Colegio Nacional" con las características actuales, por lo que sus planes de estudio sufrieron las transformaciones correspondientes.
Durante la Confederación, hubo un notable esfuerzo en que el patrimonio bibliográfico creciese y se ampliase.
Eusebio Bedoya fue nombrado por el presidente Mitre Interventor de la Universidad y el Colegio para poder informarle sobre las necesidades y los medios con los que contaba para llevar a cabo las mejoras que proponía.
[20] Como figuras destacadas en la configuración de los ideales de la Reforma Universitaria, estuvieron el escritor Juan Filloy, Arturo Orgaz (abogado) y Arturo Capdevila (juez, abogado e historiador); los dos últimos fueron mentores del Manifiesto liminar.
En cuanto a deportes, el colegio cuenta con escuadras de fútbol, hockey, vóley, básquet, balonmano, tiro y esgrima, siendo esta última la que más antigüedad tiene.
En él se representan los pueblos originarios de América Latina: mayas, incas y aztecas.
Fue adquirida hacia fines del siglo XIX para la formación artística de los alumnos monserratenses.
La cuarta y última es una obra sin título original realizada por un Bogino de 17 años, en 1977.
Es una de las tradiciones más significativas e importantes para los alumnos que comenzó como una travesura, una trasgresión al reglamento, en los años 50 del siglo XX.
Sketches, bailes y cantos son preparados por los jóvenes para celebrar el tan esperado momento, donde finalmente saltan a la fuente como lo hicieron las promociones anteriores.
Mascota; Zorro colorado, representa la vivacidad y agilidad para proteger a su manada.
Una de las características más importantes del Colegio Nacional de Monserrat es que cuenta con un Archivo Histórico y Contemporáneo que preserva el acervo documental y brinda su ayuda para consultar e investigar las colecciones.
En el escudo del Monserrat Duarte y Quirós colocó símbolos espirituales, como la Stella Matutina, que representa a la Virgen María como Madre Universal.
En el campo se muestra un ciprés, cuyas ramas representan todas las generaciones de monserratenses.
Ese mismo día a la madrugada el edificio fue desalojado por los ocupantes y los alumnos asistieron al colegio en sus turnos correspondientes.
Finalmente, luego de una dura disputa entre autoridades, docentes, estudiantes y padres (que incluyó manifestaciones, tomas del establecimiento, discusiones y pleitos judiciales), en 1998 la Justicia falló a favor de la conversión del Monserrat en mixto.