En 1789, en consonancia con las ideas ilustradas aprehendidas en su paso por España, pronunció su Oración Fúnebre en las Exequias de Rey Carlos III encargada por el gobernador intendente Sobremonte en honor al fallecido soberano en la cual se detallan algunos conceptos que serán luego retomados por la Revolución de Mayo, por lo que este discurso (y su autor) es considerado como un precursor de dicho proceso.

Pero en filosofía se negó a estudiar las escuelas nuevas, como las de René Descartes, John Locke y Leibniz, ya que consideraba que la escolástica era lo suficientemente segura y probada.

Tuvo serios problemas por sus ideas democráticas con las autoridades locales, principalmente con el gobernador Rafael de Sobremonte.

Denunció a la Primera Junta que el gobernador Concha, apoyado por el ex virrey Santiago de Liniers, habían jurado al Consejo de Regencia, desconociendo su autoridad.

Cuando la expedición del Ejército del Norte hizo huir al gobernador Concha y sus aliados, Funes logró reunir el Cabildo y hacer que reconociera la autoridad de la Primera Junta.

Ocampo los envió a Buenos Aires, pero fueron ejecutados en el camino por Castelli y Balcarce.

Después de la derrota de Huaqui, Saavedra fue autorizado por la Junta para ir al Norte a reorganizar el Ejército del Norte y frenar la posible invasión española, dejando al gobierno sin su principal autoridad.

Este proclamaba la división de poderes, pero el Triunvirato, dirigido por el secretario Bernardino Rivadavia, se negó a reconocer a la Junta como algo más que una dependencia del gobierno.

Cuando el Congreso se trasladó a Buenos Aires, los diputados José Antonio Cabrera, Eduardo Pérez Bulnes y Miguel Calixto del Corro se negaron a acompañarlo, por lo que el gobierno cordobés eligió otros dos en su reemplazo.

Representó al Libertador venezolano Simón Bolívar en Buenos Aires y quiso que los porteños se sumaran al Congreso Continental que este pensaba convocar en Panamá.

Fue diputado por Córdoba en el Congreso General de 1824, al que se incorporó en 1826.

Según cuenta José A. Wilde, testigo presencial de los hechos, la tarde del 1 de enero de 1829, mientras el deán visitaba la casa quinta de don Santiago Spencer Wilde, que ocupaba la manzana comprendida por las calles Templé (hoy calle Viamonte), Córdoba (hoy avenida Córdoba), calle Uruguay y calle Paraná y luego de un breve paseo por el parque, conversando con su anfitrión frente al proscenio del pequeño teatro del antiguo Parque Argentino o Vauxhall que funcionara en el lugar, el deán cayó repentinamente muerto.