En los años 80 y 90, tendría pasos en clubes de alto prestigio como el Barcelona (donde ganó tres títulos), el Atlético de Madrid, Peñarol, Boca Juniors, River Plate e Independiente.[15] Apenas disputó 6 partidos con las reservas hasta ser promovido para el primer equipo.[17] Un delantero habilidoso, lujoso, y con un potente remate de media distancia, se mantuvo cuatro temporadas en Central, totalizando 46 goles en 86 partidos.[18] Convirtió su único gol en la Selección ante Paraguay por la Copa Chevallier Bouttier en la victoria 3 a 2, en la que también fue su última participación como jugador.En ese año, tuvo actuaciones destacadas ante Boca, donde le metió un gol y fue expulsado por pelearse con Antonio Rattín, y ante River, donde le metió el único gol del partido a Amadeo Carrizo con un potente remate de media distancia.En el mercado invernal de 1965, fue adquirido por Boca Juniors junto al defensor Federico Sacchi.Debutó en la cuarta fecha del campeonato de ese año, contra Estudiantes en La Plata, en el que sería su primer encuentro con Carlos Bilardo, uno de los líderes del conjunto rival.Como anécdota en su ciclo como jugador boquense, el entonces presidente del club Alberto J. Armando, conocido por su pasión, no le perdonó haber errado un penal contra el Real Madrid, con quien perdió la Copa Mohamed de Marruecos de 1966, y se marchó con apenas 18 partidos disputados en dos temporadas y 6 goles convertidos.[25] En 1969 fichó para el Clube Atlético Juventus de San Pablo, donde se retiró como futbolista al finalizar la temporada 1969-70.[26] En aquel primer torneo, Menotti agarró un equipo que estaba último en el torneo, y que contaba en sus filas con jugadores como Coco Basile, el Bambino Veira, Miguel Brindisi o Carlos Babington.Durante 1972, Menotti empezó a formar las bases del que sería el equipo campeón del año siguiente, gracias a una excelente gestión de transferencias, donde trajo jugadores fundamentales como Francisco Russo y Omar Larrosa.Aquella tarde sería descrita por los medios como "un ballet de fútbol total", que se extendería por el resto del torneo, con goleadas a Boca, Racing y Atlanta.[33] Tras las decepcionantes campañas de la selección argentina en las copas del Mundo, el equipo nacional pasaba por una época oscura donde a nadie le interesaba y en la que los jugadores preferían no ser convocados.El 1° de octubre, fue anunciado oficialmente como nuevo entrenador, en donde expresó: "la idea es jerarquizar a la Selección".También jugó la edición de la Copa América 1975, donde sumó a las estrellas Mario Kempes, Leopoldo Luque, Osvaldo Ardiles y Hugo Gatti.[39] Consiguió que Polonia, Alemania Occidental, Inglaterra, Escocia, Francia, Yugoslavia y Alemania Oriental vinieran a jugar una serie de amistosos en La Bombonera como última gran prueba de cara al Mundial del próximo año, donde el equipo obtuvo un gran rendimiento.Aunque Diego Maradona era considerado uno de los mejores jugadores del mundo, Menotti no lo incluyó en la lista definitiva, junto con Humberto Bravo y Víctor Bottaniz.Sin embargo, otros periodistas afirman que había demasiados mediocampistas ofensivos.[40] Menotti acabaría declarando, años después, que fue un error no haber llevado a aquel joven Maradona.En la previa del debut antre Hungría, tanto Massera como Videla le desearon suerte al equipo argentino.[18] Al regresar a Argentina, la delegación fue recibida por Jorge Videla y la Junta militar, quienes prepararon una celebración multitudinaria para tapar la llegada de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos.Perdió con la eventual campeona, Italia, por 2 a 1, "el día futbolístico más triste de mi vida", según Menotti.Argentina acabaría de ser eliminada del Mundial por Brasil en una derrota por 3 a 1.En diciembre de 1982, la AFA anunció que no le iba a renovar el contrato, siendo reemplazado por Carlos Bilardo.Una sola ronda de campeonato le bastó para lograr un buen repunte que lo llevó a finalizar cuarto en el torneo.En la temporada 1987-88 entrenó al Atlético de Madrid, pero no logró finalizar su contrato, ya que en la jornada 29 fue despedido por el irregular andar del equipo.En julio de 1988 regresó a su país para entrenar a River Plate, finalizando cuarto en el torneo 1988-1989, donde los partidos empatados se definían en serie de remates desde el punto penal.Un año más tarde firmó a Peñarol, de Uruguay, en donde no logró buenos resultados y fue despedido nuevamente.[51] Con la partida del Tolo, Menotti recomendó a Daniel Garnero para ser el nuevo entrenador.Es por esto que en la Argentina es considerado el abanderado de tal estilo de juego, en oposición a la escuela representada por Carlos Bilardo, que priorizaba la táctica y la obtención de resultados antes que cualquier otra consideración, favoreciendo un estilo pragmático, directo y con énfasis en la contención del adversario.
César Luis Menotti en Boca en 1966.
Menotti junto al plantel del Huracán de 1973.
Menotti, con la Copa del Mundo en sus manos. 1978.