[1][e][12][13][7][f] En 1752 Fernando VI promocionó una nueva aula de Matemáticas.[7] Asimismo, en 1767, y tras la citada expulsión de la Compañía, la iglesia anexa a los Estudios se transformó en colegiata, cambiando su advocación a san Isidro, y pasando a albergar desde ese momento los restos del patrón de Madrid y su esposa, María de la Cabeza.[15] En 1844, al entrar en vigor el “plan Pidal” en 1845, los antiguos Reales Estudios quedaron transformados en el Instituto de Segunda Enseñanza “San Isidro”.[18] Durante la guerra civil, suspendidas las clases, el edificio se usó como refugio antiaéreo, permaneciendo abierta una escuela para hijos de milicianos.«A diferencia de la Colegiata, el Instituto no sufrió daños.»[18][j][14]
Detalle en el plano de Madrid de
Pedro Teixeira
de 1656 del Colegio Imperial de la Compañía de Jesús o Colegio de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús en la Corte, anexo a la colegiata de San Isidro, en la calle de Toledo.
