Habiéndose quedado huérfana de padres, tanto ella como su hermana Beatriz fueron llamadas a la corte lisboeta por el rey Manuel I para que sirviesen a su mujer, la reina doña María de Aragón, hija de los Reyes Católicos.

[1]​ Las cortes portuguesa y española acordaron el matrimonio de la infanta Isabel con Carlos I, y Leonor fue elegida con otras damas portuguesas para trasladarse con Isabel a la corte española.

Pasa en este momento a ser dama de las infantas Juana y María.

En este convento moró Teresa de Jesús en sus estancias en Madrid.

Tras la muerte del soberano, entró al servicio de su hija, la infanta  doña Isabel de Portugal, esposa del emperador Carlos V, y se incorporó al séquito que la acompañó cuando partió hacia Castilla en 1525.