[21][22] El club boyacense llegó a los cuadrangulares semifinales de la Temporada 2003,[23] siendo eliminado por Bogotá Chicó.
[27][28] Al año siguiente, en la Temporada 2004, avanza de nuevo hasta las semifinales,[29][30][31] siendo último del grupo A.
El equipo no perdió ni un solo partido en el Estadio La Independencia, cediendo tan solo 4 empates en los 20 partidos que disputó como local; incluso se lograron dos goleadas históricas, una 9 por 0 ante Alianza Petrolera y otra 5 por 0 ante Pumas de Casanare;[38][39] todo esto hizo pensar en una final y un posible título.
[46] En los torneos Apertura y Clausura,[47] Patriotas no logró acceder a la instancia definitiva.
[72][73][74] Su reemplazo fue Eduardo Julián Retat,[75] que no pudo clasificar al equipo a la final del Torneo Apertura quedando tercero del Grupo B siendo superado por Itagüí Ditaires y Expreso Rojo de Zipaquirá y solamente superando al Unión Magdalena,[76][77][78] en esta fase hizo seis puntos y después ni a los cuadrangulares del Finalización clasificó quedando quinto del Grupo A con 24 puntos.
[84][85] Después de culminar muy bien la campaña del todos contra todos, con una victoria sobre el Atlético Bucaramanga por tres goles a dos con goles de Humberto Marquínez, Erwin Carrillo y Edgar Ramos.
[86] Clasificó en el Grupo B junto a Deportivo Pasto, Bogotá F. C. y Atlético Bucaramanga.
Patriotas empezaría ganando como visitante al Deportivo Pasto con gol de Edgar Ramos en la primera fecha,[87][88] para la segunda perdió con el Bogotá F. C. de local tres goles a dos,[89] y finalizando la primera vuelta le ganó por la mínima diferencia al Atlético Bucaramanga con gol de Erwin Carrillo.
[90] Ya en la segunda vuelta visitó al Atlético Bucaramanga,[91] sacando un valioso triunfo de visitante tres goles a dos,[92] con goles de John Pajoy, Erwin Carrillo y Wilson Galeano.
[102] También varios jugadores importantes como José Largacha, Yuberney Franco, Wilson Lozada y Elkin Amador entre otros como refuerzos para el club.
Patriotas terminó la fase todos contra todos en la quinta ubicación lo que le dio paso a los cuartos del final del Primer Semestre o Torneo Apertura,[103][104][105][106] enfrentándose en dicha instancia al Academia de Bogotá.
[169][170][171] El equipo Lancero arrancaría de manera muy nefasta una campaña en la temporada 2022 cayendo derrotado en numerosas veces, dejándose superar por Unión Magdalena, Alianza Petrolera y los equipos que le seguían en la tabla del descenso,[172] hubo partidos donde se tuvo que cambiar de técnico varias veces, para el partido contra Millonarios en Bogotá quedando 0-0 en el Torneo Finalización del 2022 éste sentenciaría su primer descenso a segunda división tras haber salvado de descender numerosas veces y haber durado 10 años en la máxima categoría, el equipo jugará la Primera B para el 2023.
[206] Arrancó y terminó mal quedó en el último puesto del Torneo Apertura 2024, solo sumó quince puntos en diecinueve partidos.
[213] El escudo actual, en uso desde el 2015, se compone de cinco figuras semi romboides, de fuera hacia dentro cada figura lleva los colores negro, rojo, verde y blanco.
Al interior de dichas figuras se encuentra un campo rojo sobre el cual aparece la silueta del monumento a los lanceros del Pantano de Vargas y escrita la palabra PATRIOTAS.
En su momento el escudo causó gran polémica por ser en su estilo idéntico al del club de fútbol Colorado Rapids.
[271][272][273] Nómina Patriotas Boyacá 2025-I[274] Jonathan Risueño [[]] Mauricio Molina Garzon Wilson Dario Alemán Juan Carlos Sarmiento Nancy Bibiana Torres Plantilla en la web oficial
La barra más popular del equipo es Aguante Sur Patriotas, que en la temporada 2013 marchó para exigir la renuncia de José Augusto Cadena[277][278][279] y Arturo Reyes[280] debido a los malos resultados deportivos[281] en el Torneo Apertura 2013,[282][283] quedando comprometido en la tabla del descenso para el Segundo Semestre de este año al no haber ganado ningún partido.