Dos años después, cuando estaba dirigiendo al Guadalajara de Buga, Jorge Luis Bernal asumió la dirección técnica del Deportes Tolima, pero con siete puntos por debajo del Cúcuta y el Magdalena en la tabla del descenso, sus esfuerzos no valieron para nada y el equipo descendió,[1] después dirigió con mucho éxito al Cooperamos Tolima, en 1995 Bernal, con ese equipo, logró el título nacional de la Primera C en Pasto, gracias a ese título Bernal y el Cooperamos Tolima pudieron participar entre 1996 y el 2000 en el campeonato de la Categoría Primera B.
En 2007 llegó al Cúcuta Deportivo, club donde también lograría una gran campaña en la Copa Libertadores y en la liga colombiana; en el Torneo Apertura terminó en el segundo lugar del todos contra todos, un punto por debajo del líder Deportivo Cali.
En los cuadrangulares perdió la gran opción de llegar nuevamente a la final, empatando 0-0 ante Independiente Medellín.
En la semifinal jugó ante Boca Juniors, en la ida ganó por 3-1, pero perdió en la vuelta 3-0 dándole el paso a la final al equipo argentino.
[3] En el Torneo Finalización ya no fue tan efectivo como el semestre anterior, pero logró meterse en el grupo de los ocho en la quinta posición del todos contra todos, en los cuadrangulares no tuvo una buena presentación terminando en el último lugar con apenas cinco puntos.
Posteriormente, fue despedido tras perder la final de la Copa Colombia y no lograr mantener la categoría.
Luego de descender con el cuadro "pastuso" a la Primera B, asume como nuevo entrenador del Deportivo Cali para la temporada 2010.
En su tercera etapa en el equipo nariñense no tuvo su mejor campaña, pues terminó ocupando el puesto 12 con 20 puntos en el todos contra todos del Torneo Apertura, por lo cual fue destituido del equipo en el mes de mayo; luego de ser despedido del Deportivo Pasto, asumió nuevamente como técnico de las Águilas Doradas en junio para afrontar el Torneo Finalización 2014, cargo en el que solo duró dos meses al ser despedido por malos resultados.
En mayo de 2016 llega al Alianza Petrolera para ser protagonista y hacer una buena campaña en el equipo refinero.
Se desvinculó del equipo pocos días después de caer 0-3 con Atlético Nacional en La Independencia.