La Intendencia también sería sencillamente conocida como Honduras, por ser el nombre más antiguo desde la llegada de los europeos, y que actualmente mantiene la república independiente.
El territorio que hoy comprende Honduras se mantuvo intacto desde su descubrimiento (1502) hasta marzo de 1524, cuando Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar con propósitos de conquista.
Este fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio pacificando a los aborígenes y luchando contra los españoles que le disputaban el territorio.
Luego, Hernán Cortés, movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del territorio —entonces conocido por los españoles como "Hibueras" o "Higueras"—, envió dos expediciones: una por tierra a cargo de Pedro de Alvarado y otra por mar a cargo de Cristóbal de Olid.
Se forman así las Provincias Unidas de Centro América, que pasarían a ser la República Federal de Centro América (1824-1839), con Honduras como Estado miembro, gobernada por Jefes de Estado.