Como teniente de gobernador acompañó también a Cortés durante la fatigosa expedición hacia Honduras (1524-1525).

Dicha campaña tuvo por objetivo sofocar la rebelión del capitán Cristóbal de Olid, pero al llegar a Honduras, Cortés se enteró de que dicho capitán ya había sido sometido y ejecutado.

[4]​ Luego estalló la rebelión de los indígenas, exasperados por los abusos que cometían los colonos españoles.

El nuevo gobernador arribó a Honduras en 1526, y al encontrar alguna resistencia de parte de Saavedra, lo hizo apresar, para luego enviarlo a La Española.

[5]​ Pese a todo, el gobierno de Saavedra en Honduras, que duró apenas siete meses, no fue del todo negativo.