Tras su retiro de la ingeniería, Eiffel se dedicó a investigar en la meteorología y la aerodinámica, haciendo importantes contribuciones en ambos campos.
Poco después empezó a trabajar en una empresa de equipos para ferrocarriles.
En 1867 funda la consultora y constructora Eiffel et Cie., que adquirió un gran prestigio internacional en el uso del hierro, construyendo cientos de importantes estructuras (puentes, grúas, estaciones, etcétera).
Su propuesta usaba el "método de fuerzas", una técnica nueva para diseñar estructuras, creada por Maxwell en 1846.
En la Segunda Guerra Mundial se utilizó como antena para que los aliados pudieran espiar las maniobras del ejército alemán.
Inicialmente fue declarado culpable, pero posteriormente fue absuelto y no llegó nunca a ser encarcelado, aunque supuso el fin de su carrera como constructor.
Desde ese escándalo se dedicó a trabajos en otros ámbitos, como la meteorología y la aerodinámica.