El templo se encuentra en la Plaza del Carmen, en el extremo este de la calle Claro M. Recto, en Quiapo, Manila.

[6]​ En 1621, Bernardino Castillo, un generoso mecenas devoto del mártir cristiano San Sebastián, donó el terreno donde se levanta la basílica para la construcción de una iglesia.

[6]​[4]​ En los años 1880, el párroco Esteban Martínez, estando la iglesia en ruinas, le propuso al arquitecto español Genaro Palacios un plan para construir un edificio que pudiera resistir el daño producido por el fuego y los terremotos hecho completamente de acero.

[4]​ Palacios completó un diseño que fusionaban los estilos barroco telúrico y neogótico.

[5]​ Las vidrieras fueron fabricadas por la compañía de vitrales alemana Henri Oidtmann Company, siendo artesanos locales los que llevaron a cabo los retoques finales en el templo.

[2]​[4]​ El historiador Ambeth Ocampo afirma que hay una conexión entre Eiffel y la iglesia de San Sebastián.

[1]​ Para decorar los interiores de la iglesia se usó la técnica del trampantojo.

[4]​ Fieles al espíritu gótico del templo son sus confesonarios, púlpitos, altares y cinco retablos diseñados por el también artista filipino Lorenzo Guerrero,[8]​ así como Rocha.

En 1998, la iglesia de San Sebastián apareció en la lista bianual de los 100 sitios arqueológicos o edificios históricos más amenazados, elaborada por el Fondo Mundial para los Monumentos, aunque no apareció en las siguientes listas.

Igualmente, los Agustinos Recoletos han destinado fondos para el mantenimiento y restauración del templo.