Es famoso por codiseñar junto con Maurice Koechlin con quien compartió experiencia de trabajo para realizar la Torre Eiffel, construida entre 1887 y 1889 para la Exposición Universal de 1889, una de las más importantes por su gran repercusión internacional.Fue el hijo de Joseph Félix Marius Nouguier (mercader) y su esposa Marie Joséphine Hortense Moreaux.Luego de graduarse, Émile Nouguier trabajó con Ernest Goüin et Cie (compañía de construcción de Ingenieros Civiles), participando en los siguientes proyectos: Posteriormente, Émile Nouguier fue contratado por Eiffel et Cie, que luego se transformaría en Compagnie des Establissment Eiffel, cuyo dueño era Gustave Eiffel.Durante su tiempo en la compañía (desde 1867 hasta 1893) participó en los siguientes proyectos: En 1893, Nouguier se separa de Gustave Eiffel y se transforma en copresidente de Nouguier, Kessler et Cie, en Argenteuil.Luego de que el proyecto fuese aprobado por Eiffel, se lo presentaron al Ministro Francés de Industria y Comercio.