La primera fase del proceso, desde 1810 hasta 1815, se caracterizó por diversos conflictos entre los defensores de la monarquía y los independentistas.Estas derrotas debilitaron enormemente al gobierno patriota, pronto no estaba en condiciones de enfrentar a los monárquicos.[3] Durante esta nueva fase, varios grupos republicanos se mantuvieron activos, ejerciendo un poder efectivo en los Llanos, principalmente en el Casanare y en la Guayana venezolana.La nueva república estaba primero federada con Ecuador y Venezuela, unión que la historiografía llamó Gran Colombia.Así se establecieron dos tendencias: el federalismo, que defendía la independencia total del sistema español y la autonomía de las provincias, y el centralismo, que abogaba por la permanencia del gobierno español en América.Cada provincia y también algunas ciudades crearon sus propias juntas, que se declararon independientes unas de otras.La primera guerra terminó con un empate, pero no impidió que Cundinamarca organizara una expedición contra Popayán y Pasto, ambas ciudades realistas.A sus soldados se les dijo que Bolívar tenía planeado destruir su ciudad y acabar con la Iglesia católica.[12] Sin embargo, los patriotas saquearon el rico barrio de Santa Bárbara y destruyeron su Observatorio Astronómico.Muchos hombres fueron masacrados y las mujeres de origen español que ahí habitaban fueron violadas.[13][14] Sin embargo, el gobierno establecido en Bogotá no logró unificar los esfuerzos de los patriotas[8] debido a que Cartagena de Indias se hallaba en poder del coronel patriota Manuel del Castillo y Rada, quien desde 1813 se había enemistado con Bolívar al desobedecerlo y un año después se había declarado públicamente contra él.Finalmente, el capitán general decidió primero atacar Cartagena y empezó a preparar la campaña contra esa ciudad, luego avanzaría hacia Santa Marta y finalmente regresaría a Venezuela con todas las fuerzas disponibles.Cerca de dos mil soldados se concentraban en Cúcuta y Guasdualito para apoyar a los samarios.[15][16] En abril los samarios asediaron Mompox, Bolívar pidió a Castillo, que tenía 2500 hombres guarneciendo el Magdalena,[16] auxiliar a los defensores, pero este se negó y se perdieron 1000 hombres, 2000 fusiles, 100 piezas de artillería y 34 buques armados.En otra parte, las provincias ni siquiera podían darse mutuamente el apoyo que tanto necesitan.Ambos habían elaborado un plan en el que Santander debía preparar la provincia de Casanare, unificar a los guerrilleros del sur y dar informes a Bolívar sobre las tropas españolas para iniciar la invasión de la Nueva Granada.Sin embargo, el desarrollo de los acontecimientos hacían presentir lo peor al general Morillo, ya que su Ejército expedicionario, exhausto y sin recibir refuerzos desde hacía mucho tiempo, estaba combatiendo contra fuerzas militares eficaces de las que se desconocía su capacidad real.Barreiro todavía pensaba que podía controlar la situación pero el estado de sus tropas le obligaba estar a la defensiva por lo que decidió replegarse hacia la ciudad de Bogotá donde las condiciones le serían mucho más favorables.Pero primero se tenía que pacificar la región de Pasto, leal a la Corona española.
Campañas de independencia en Venezuela y Nueva Granada entre 1806 y 1814.
