Casado en 1994 con la escritora Elvira Lindo, Muñoz Molina tiene tres hijos de su primer matrimonio.
[3] En 2004 fue nombrado director del Instituto Cervantes de Nueva York, cargo que ocupó durante dos años.
[4] Su primera novela, Beatus Ille, apareció en 1986, aunque se gestó durante varios años.
Cuenta la historia de Minaya, un joven que regresa a Mágina para realizar una tesis doctoral sobre el poeta Jacinto Solana, muerto en la guerra civil, pero cuya apasionante vida le llevará a una serie de indagaciones que darán como resultado un final magistral.
En 2007 es investido doctor honoris causa por la Universidad de Jaén como reconocimiento a toda su obra.