Acabada la guerra, en 1940, viajó a Madrid para estudiar en la Academia de San Fernando.
Primero en casa de sus suegros y más tarde en Nueva York, capital del arte moderno.
Hacia 1961 sufrió una fuerte depresión por la muerte de un amigo, por la que recibió ayuda médica durante cuatro años.
Se nota entonces la influencia de pintores como Franz Kline, Mark Rothko, Clyfford Still y Barnett Newman en su obra.
En Granada existe un centro de arte que lleva su nombre, Centro José Guerrero, inaugurado en el año 2000, con fondos pertenecientes a la colección familiar, que los cedió a la Diputación de Granada.