De esta forma gracias a las gestiones del Caballero Veinticuatro D. Juan Cerezo, el Papa Paulo III, en 1503, dio una bula que facultaba al Estudio General del Convento de Santa Catalina para el estudio de las Artes Liberales, la Medicina, la Teología y otras ciencias.

En 1629 el Papa Urbano VIII, dio una bula que convertía al Estudio General del Convento de Santa Catalina Mártir en Universidad Pontificia, iniciando la de Baeza un pleito que ganó al año siguiente, por lo que Jaén dejó de ser sede universitaria.

Sin embargo la decadencia de la Universidad de Baeza estuvo íntimamente ligada a los hechos históricos que caracterizaron a la provincia de Jaén hasta fechas recientes, determinando la tendencia a la ruralización que, demográficamente, implica el desmantelamiento de las ciudades; del mismo fenómeno se derivó el absentismo aristocrático que al no encontrar incentivos en las ciudades en crisis, se marchó a la Corte, o a otras grandes ciudades donde invertían o gastaban sus recursos; ello, unido a la decadencia económica, en especial la del sector textil baezano, a los pleitos locales y a la falta de innovación académica hicieron posible el decreto de extinción en 1807 de la Universidad de Baeza y su clausura definitiva en 1824.

Una segunda Escuela Normal de Magisterio, la "Sagrada Familia" se fundó en 1949 en Villanueva del Arzobispo, donde permaneció hasta que en 1949 fue trasladada a Úbeda.

En 1982 el Colegio Universitario se integró en la Universidad de Granada, aunque la integración efectiva no se llevó a cabo hasta enero de 1985.

La penúltima etapa del proceso se produjo a partir de 1989.

En 1990 se creó la Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas.

A su vez, son 33 los departamentos en los que se halla dividida la actividad docente de la universidad.

Tras su creación en 1997 se elige Luis Parras Guijosa como rector magnificus de la universidad, quien ostenta el cargo hasta 2007, tras resultar vencedor de las elecciones celebradas en 1999 y 2003.

[17]​[18]​ En las elecciones celebradas en 2007, a las que de acuerdo a normativa vigente ya no se presentó Luis Parras, resultó vencedor Manuel Parras Rosa, que renovó el cargo en las elecciones de 2011.

[19]​ En las elecciones celebradas en 2015 resultó elegido el catedrático Juan Gómez Ortega.