En Salamanca se vio obligado a doctorarse de nuevo en Cánones, pues esta universidad no aceptaba los grados obtenidos en otras.
Fue catedrático en Salamanca durante catorce años, en el transcurso de los cuales asistió en cierta ocasión a escucharle el emperador Carlos V, ante el cual disertó acerca del origen democrático del poder.
Por orden del emperador, en 1538, pasó a la Universidad de Coímbra (Portugal), recién fundada por los monarcas portugueses.
En esta ocasión se le encomendó dar solución a las diferencias que los religiosos del monasterio tenían con su abad, cumpliendo dicho cometido con gran prudencia.
Agotado por la prisión y el enconado proceso, Bartolomé de Carranza murió a los pocos días.
Aquí fijó su residencia definitiva y pasó los últimos 19 años de su vida.
Azpilcueta estuvo propuesto para ser elevado al cardenalato dos veces, pero lo impidió la oposición de Felipe II, que actuaba en Roma por mediación del cardenal Francisco Pacheco y del embajador Juan de Zúñiga.
Perteneció a la llamada Escuela de Salamanca junto con otros jesuitas, dominicos y franciscanos, muy anteriores a los fundadores de la Economía Clásica (el británico del siglo XVIII Adam Smith y sus seguidores, entre otros), que se tienen generalmente como iniciadores de la economía moderna, sin serlo.