Acompañó con su hermano Luis al príncipe Felipe en su viaje de presentación a los Países Bajos en 1548.

[6]​ Cuando Juan se hizo cargo de la embajada en Roma notó cuando iba a negociar con el papa Pio V, que este se encontraba bien informado sobre los asuntos a tratar.

[7]​ Juan informa al rey Felipe II que el papa sabía sobre los negocios y resoluciones de SM mucho antes que él como embajador lo supiese por carta.

El rey Felipe II escribió carta cifrada al papa Pio V, a quien estimaba mucho, dándole una completa información de los sucesos y de su decisión.

[20]​ Juan escribe el 28 de febrero de 1570 al rey Felipe II informándolo que los venecianos no dan seguridad a la Liga, porque ellos tienen otros intereses y que sólo cuando los turcos invadieron Chipre, resolvieron los venecianos entrar en la Liga con España.

[22]​ Durante los años 1570-1576 llevó Juan a su cargo las negociaciones sobre la "Alianza de la Santa Liga" (España, Venecia, Vaticano) siendo papas Pio V y su sucesor Gregorio XIII.

[28]​ En 1573 un grupo de cardenales ejerce presión al rey Felipe II para que residiera en Italia o en Flandes a fin de dirigir y supervisar la empresa contra los turcos o contra los rebeldes en los países bajos.

[37]​ Juan fue después nombrado por un trienio virrey, lugarteniente y capitán general del reino de Nápoles.

Contribuyó con las fuerzas españolas destacadas en Nápoles al auxilio del rey Felipe II en la expedición de Portugal.

[38]​ En su "Historia Civile del Regno di Napoli", afirma Giannone, que Juan dejó cerca de treinta y tres pragmáticas, cuyas disposiciones son un elogio para el arte de gobernar.

Fue nombrado en 1583 presidente del consejo de estado, cargo que ejerció hasta su muerte.

[40]​ Juan se convirtió en la cabeza de la oposición a los borgoñeses del cardenal Granvelle.

Ambos habían servido en Italia y su apreciación de la política exterior no difería mucho.

Al igual que sus anteriores análisis fue este documento la mejor representación de los planes estratégicos españoles.

Una operación marítima con fuerzas de sometimiento sería la defensa más eficaz y económica.

Juan aconseja al rey Felipe II en julio de 1586, que una anexión directa de Inglaterra costaría mucho a España el conservarla y que el reino conquistado debería ser otorgado a un soberano católico.

Proponía como reina a María Stuart y que fuera casada con un príncipe católico, con quien se pudiera contar, como Octavio Farnesio, duque de Parma.

[51]​ Su muerte fue muy sentida por Felipe II y una gran pérdida para la monarquía española.