[8] En el siglo XVI, el rey Juan II de Portugal diseñó un sistema defensivo para el estuario del Tajo que incluyó las fortalezas de Cascaes y São Sebastião en Caparica en la zona meridional del río.
Estas fortalezas no protegieron al completo la desembocadura, por lo que se requirió una protección añadida.
[11] Con este objetivo, ordenó la «construcción de un gran fuerte», pero su fallecimiento terminó con estos planes, por lo que el monarca Manuel I de Portugal recuperó la propuesta dos décadas más tarde y mandó erigir una fortificación militar en el margen norte del Tajo en Belém.
El ingeniero presentó tres diseños, proponiendo que el bastión fuera rodeado por otro nuevo de grandes dimensiones, aunque este proyecto nunca llegó a materializarse.
Cuando las fuerzas francesas napoleónicas invadieron Lisboa durante la Guerra Peninsular, un destacamento de sus tropas se instaló en el interior desde 1808 hasta 1814.
[11] El rey Miguel I de Portugal (r. 1828-1834) utilizó las mazmorras para encarcelar a sus opositores liberales,[14] mientras que otra planta fue utilizada como aduana para los navíos hasta que el impuesto a embarcaciones extranjeras fue abolido en 1833.
Este arquitecto demolió los Barracones de Felipe y amplió los elementos evangelistas en 1845-46.
[11] Las primeras acciones con el objetivo de preservar y rehabilitar la torre comenzaron a finales del siglo XX.
En 1983 la torre de Belém acogió la XVII Exhibición Europea de Arte, Ciencia y Cultura, y se realizaron varios proyectos en la misma como la cubrición del claustro con un plástico transparente.
El terraplén, guarnecido por almenas, constituye una segunda línea de fuego, estando localizado en el Santuario de Nuestra Señora del Buen Suceso, patrona del lugar, también conocida como la Virgem do Restelo.
El animal fue tan popular en aquellos días que no solamente se incluyó su figura en la decoración de la Torre de Belém, sino que el impresor Valentim Fernandes representó y describió al detalle la anatomía del ejemplar, lo que inspiró al pintor alemán Alberto Durero, quien jamás vio un rinoceronte, a realizar la famosa xilografía conocida como Rinoceronte de Durero.