Sistema de tres dominios

[2]​ Para describir estas tres grandes ramas, Woese se permitió tratarlas como dominios en 1990,[1]​ siempre promoviendo la separación de los dos grupos procariotas.

Los análisis de dichas subunidades sugieren que están más estrechamente relacionadas con las encontradas en los eucariotas.

[4]​ La siguiente tabla comparativa relaciona las diferentes características eucariotas, bacterianas y arqueanas: Las principales características que llevaron a reconocer tres diferentes dominios fueron los siguientes análisis del ARN ribosomal de la subunidad menor: en Bacteria hay una secuencia particular entre las posiciones 500-545 del ARNr-16S, en Archaea hay una estructura única entre las posiciones 180-197 o 405-498 del mismo ARNr-16S y en Eukarya el ARNr de la subunidad menor es 18S y difiere de los procariontes entre las posiciones 585-656.

[5]​ Existen varios postulados diferentes sobre la relación filogenética entre los tres dominios, los cuales pueden resumirse cronológicamente del siguiente modo: Durante los siglos XIX y XX se hicieron notables avances en el conocimiento microbiológico.

El resultado fue toda una revolución en la elaboración de árboles filogenéticos; así se vio renacer la taxonomía microbiana que hasta entonces parecía imposible y aparece un nuevo campo dentro del amplio estudio procariota.

De este modo se determinó que la más alta categoría taxonómica no estaba en la dicotomía procariota-eucariota, sino en tres reinos primarios o urkingdoms: "eubacteria, archaebacteria y urkaryotes".

[10]​ Posee una pared celular compuesta por peptidoglucanos al igual que las bacterias y su modo de nutrición sería osmótrofa.

[12]​ Muchos autores, en especial los biólogos evolutivos, no aceptan el sistema de tres dominios; aunque comúnmente se incorpora a Archaea y Bacteria (o Eubacteria) como procariotas (por ejemplo AHG Balows y otros).

Sostiene que la mayor discontinuidad existente entre todas las formas de vida presentes en la Tierra, es la que hay entre procariotas y eucariotas, pues la especiación, en su mayor sentido, no era posible antes del origen y evolución de los eucariontes por simbiogénesis.

No es comprensible la biología eucariota sin reconocer el origen bacteriano de mitocondrias y cloroplastos.

[14]​ Ernst Mayr, en 1990 y 1998 defiende la unidad del imperio Prokaryota y sostiene que la carencia o no-posesión de una característica es tan importante en cualquier clasificación como su posesión, salvo en los casos en que la carencia está demostrada por una pérdida secundaria.

Según Cavalier-Smith, se ha exagerado la diferencia entre los ARNr procariotas; y en las demás características son mayores las homologías.

[20]​ Sin embargo es relevante destacar que el gran mérito de Woese y sus colaboradores, fue el descubrimiento del análisis genético ribosomal, el cual permitió profundizar en la filogenia procariota, hasta entonces esquiva; un método que se usa ahora extensamente, incluso hasta por los críticos del -por ahora vigente- sistema de tres dominios.

Estas diferencias empalidecen en significancia en comparación con las diferencias inmensamente más profundas entre la organización genética de los eucariotas y los procariotas, de lo cual Stanier (1961, 1970[28]​) tenía muy poca noticia, pero que ya he discutido en detalle en otros trabajos (Cavalier-Smith 1981b,[30]​ 1987c[31]​ ,[32]​ 1991a, b, 1993b[33]​).

Muchos autores se han dado cuenta de esto (por ejemplo Ouzonis y Kyrpides 1996[36]​)."

Actualmente, existe amplia aceptación en la redefinición de los términos Archaea y Bacteria, aunque pocos siguen prefiriendo utilizar Eubacteria.